mgcv::gamm()和MuMIn::dredge()错误

Question

我一直试图在一个函数中使用包mgcv来安装多个GAMs，并通过模型选择过程粗略地选择最合适的模型。但是，我的函数运行第一个模型，因此似乎无法再次识别输入数据dat。

我知道错误了

Is.data.frame(数据)中的错误:找不到对象'dat‘。

我认为这是一个范围问题，我已经向here和here寻求帮助，但无法解决。

代码和数据如下(希望可以复制)：gam.csv

library(mgcv)

# Function to fit multiple models 
best.mod <- function(dat) {

# Set up control structure
ctrl <- list(niterEM = 0, msVerbose = TRUE, optimMethod="L-BFGS-B")

# AR(1)
m1 <- get.models(dredge(gamm(Temp ~ s(Month, bs = "cc") + s(Date, bs = 'cr') + Year,
         data = dat, correlation = corARMA(form = ~ 1|Year, p = 1),
         control = ctrl)), subset=1)[[1]]

# AR(2)
m2 <- get.models(dredge(gamm(Temp ~ s(Month, bs = "cc") + s(Date, bs = 'cr') + Year,
         data = dat, correlation = corARMA(form = ~ 1|Year, p = 2),
         control = ctrl)), subset=1)[[1]]

# AR(3)
m3 <- get.models(dredge(gamm(Temp ~ s(Month, bs = "cc") + s(Date, bs = 'cr') + Year,
         data = dat, correlation = corARMA(form = ~ 1|Year, p = 3),
         control = ctrl)), subset = 1)[[1]]


### Select best model to work with based on unselective AIC criteria 
if(AIC(m2$lme) > AIC(m1$lme)){mod = m1}else{mod = m2} 
if(AIC(mod$lme) > AIC(m3$lme)){mod = m3}else{mod = mod}

return(mod$gam)
}

mod2 <- best.mod(dat = test_gam)

任何帮助都将不胜感激。

谢谢，康纳

Answer 1

get.models在模型的formula环境中进行计算，在gamm中是(总是？) .GlobalEnv，而它应该是函数的环境(即sys.frames(sys.nframe()))。

所以，而不是

get.models(ms, 1)

使用

eval(getCall(ms, 1))