作为文件上下文的csplit前缀

Question

我写了一个bash脚本来分割一个文件。该文件如下所示：

@<TRIPOS>MOLECULE
ZINC32514653
....
....

@<TRIPOS>MOLECULE
ZINC982347645
....
....

下面是我写的剧本：

#!/bin/bash
#split the file into files named xx##.mol2
csplit -b %d.mol2 ./Zincpharmer_ligprep_1.mol2 '/@<TRIPOS>MOLECULE/' '{*}'
#rename all files called xx##.mol2 by their 2nd line which is ZINC######
for filename in ./xx*.mol2; 
do
    newFilename=$(echo $filename | sed -n 2p $filename)
    if [ ! -e "./$newFilename.mol2" ]; then
    mv -i $filename ./$newFilename.mol2

    else
        num=2
        while [ -e "./"$newFilename"_$num.mol2" ]; do
        num=$((num+1))  
        done
        mv $filename "./"$newFilename"_$num.mol2"
    fi
    done

我有两个问题：

( 1)是否有方法将前缀选项包括在csplit中，并告诉csplit前缀是分隔符后面的行。

2) xx00创建的第一行是一个空文件，因为分隔符位于第一行。我怎么才能避免这种情况？

预期的输出将是名为ZINC32514653.mol2和ZINC982347645.mol2的文件。A以防万一有两个条目具有相同的ZINC### ZINC982347645_2.mol2。

Answer 1

您只需知道是否可以从这个man csplit页面获得：-

告诉csplit更改前缀：-

-f, --prefix=PREFIX
       use PREFIX instead of 'xx'

若要排除空文件：-

-z, --elide-empty-files
       remove empty output files

Answer 2

这不能用csplit来完成。我推荐一些大致如下的内容：

awk  '/@<TRIPOS>MOLECULE/ { getline file; next } {print $0 > file }'