含周期边界条件的含R的DBSCAN

Question

在我的三维数据分析中，我使用R编程语言中的以下语句来进行基于密度的聚类-

clusterstry <- dbscan(styrenexyz, 0.20, MinPts =20, method = "hybrid", showplot = 1, countmode = 1:10,100,1000)

然而，这种epsilon (=20)不能计算周期边界条件的情况。

有人能建议我如何计算周期边界条件吗？

Answer 1

您可以创建自己的距离函数，而不是使用欧几里得距离。

然后你可以很容易地实现你的周期性边界条件。如果您进行搜索，可以使用Python提供一些示例，这可能对您有所帮助。

另外，您也可以添加一个额外的维度来执行周期性边界条件。

我建议做自定义距离函数，而不是额外的维度，以避免任何扭曲。您可以在R中创建一个自定义距离函数，方法是编写自己的函数，然后将结果提供给dbscan()或optics()。

您会注意到它要么接受数据矩阵，要么接受距离矩阵。您可以让R知道您的对象是一个带有函数as.dist()的距离矩阵。这是来自stats包的。