NumericMatrix在RcppParallel包中不被识别为类型

Question

我正在学习如何在我的工作中使用RcppParallel，并试图安装一个用Rcpp.package.skeleton()制作的简单包。该包包含三个源文件，Rcpp的HelloWorld (rcpp_hello_world.cpp)和RcppParallel网站(http://gallery.rcpp.org/articles/parallel-matrix-transform/)中矩阵转换函数的两个版本。串行版本(matrixSqrt.cpp)和并行版本(parallelMatrixSqrt.cpp)。此外，我还对描述和命名空间文件进行了必要的添加，并使用建议的行制作了Makevars和Makevars.win。

问题是，当我试图安装软件包时，我得到了以下错误：

parallelMatrixSqrt.cpp:14:21:错误：“NumericMatrix”不指定类型SquareRoot(const NumericMatrix input，NumericMatrix output)

我不知道这是不是链接器的问题。Makevars文件如下所示：

马克瓦尔斯

PKG_LIBS += $(shell ${R_HOME}/bin/Rscript -e "RcppParallel::RcppParallelLibs()")

Makevars.win

PKG_CXXFLAGS += -DRCPP_PARALLEL_USE_TBB=1
PKG_LIBS += $(shell "${R_HOME}/bin${R_ARCH_BIN}/Rscript.exe" \
              -e "RcppParallel::RcppParallelLibs()")

编辑:这就是parallelMatrixSqrt.cpp的样子

#include <RcppParallel.h>
using namespace RcppParallel;

struct SquareRoot : public Worker
{
   // source matrix
   const RMatrix<double> input;

   // destination matrix
   RMatrix<double> output;

   // initialize with source and destination
   SquareRoot(const NumericMatrix input, NumericMatrix output) 
      : input(input), output(output) {}

   // take the square root of the range of elements requested
   void operator()(std::size_t begin, std::size_t end) {
      std::transform(input.begin() + begin, 
                     input.begin() + end, 
                     output.begin() + begin, 
                     ::sqrt);
   }
};

// [[Rcpp::export]]
NumericMatrix parallelMatrixSqrt(NumericMatrix x) {

  // allocate the output matrix
  NumericMatrix output(x.nrow(), x.ncol());

  // SquareRoot functor (pass input and output matrixes)
  SquareRoot squareRoot(x, output);

  // call parallelFor to do the work
  parallelFor(0, x.length(), squareRoot);

  // return the output matrix
  return output;
}

谢谢

Answer 1

NumericMatrix类由Rcpp提供，因此您需要通过使用

using namespace Rcpp;

或显式前缀命名空间名称，例如

Rcpp::NumericMatrix

注意，警告re:避免使用R/ Rcpp意味着避免在RcppParallel::Worker函数的定义中使用R/Rcpp。您希望避免在并行上下文中使用R/ Rcpp的主要原因是，这些例程可能：

1. 分配，从而触发R垃圾收集器，如果在单独的线程上执行，这将导致重大问题；或
2. 抛出一个错误，从而导致一个破坏宇宙的longjmp (如果我正确理解，这是C++程序中未定义行为允许的结果)。

您通常可以从Worker对象构造您的Rcpp对象，但为了安全起见，您通常希望使用本地RcppParallel::RMatrix<T>对象来存储相关数据，因为该对象“更安全”，因为它只提供了在并行上下文中安全使用的例程--特别是，它提供了允许您将其与C++ STL一起使用的迭代器，这在许多情况下都是足够的。

Answer 2

#include <RcppParallel.h>
using namespace RcppParallel;

用下面的行来修补您的代码，而不是在代码中使用上面的行。您还没有包含Rcpp名称空间，这对我来说是有效的。

// [[Rcpp::depends(RcppParallel)]]
#include <Rcpp.h>
#include <RcppParallel.h>
using namespace Rcpp;
using namespace RcppParallel;

您还没有提取Rcpp命名空间，这在空间NumericVector或NumericMatrix的编译过程中是必需的。

所以，工作代码将是

// [[Rcpp::depends(RcppParallel)]]
#include <Rcpp.h>
#include <RcppParallel.h>
#include <limits>
using namespace Rcpp;
using namespace RcppParallel;
struct SquareRoot : public Worker
{
// source matrix
 const RMatrix<double> input;

// destination matrix
RMatrix<double> output;

// initialize with source and destination
 SquareRoot(const NumericMatrix input, NumericMatrix output) 
 : input(input), output(output) {}

// take the square root of the range of elements requested
 void operator()(std::size_t begin, std::size_t end) {
 std::transform(input.begin() + begin, 
               input.begin() + end, 
               output.begin() + begin, 
               ::sqrt);
 }
 };

  // [[Rcpp::export]]
   NumericMatrix parallelMatrixSqrt(NumericMatrix x) {

  // allocate the output matrix
   NumericMatrix output(x.nrow(), x.ncol());

  // SquareRoot functor (pass input and output matrixes)
   SquareRoot squareRoot(x, output);

  // call parallelFor to do the work
    parallelFor(0, x.length(), squareRoot);

  // return the output matrix
  return output;
  }

然而，我得到了错误的“没有匹配的函数调用转换”，如果你知道答案可能是，请回答。