按相关性对rentrez中的发布搜索进行排序

Question

我使用R中的rentrez包搜索PubMed，并希望得到按相关性排序的结果。目前，它们是按发布日期排序的。

library(rentrez)

query = 'regression to the mean[TITL]'
entrez_search = entrez_search(db="pubmed", term=query, retmax=30)
paper_data = entrez_summary(db="pubmed", id=entrez_search$ids)
dates = extract_from_esummary(paper_data, c("pubdate"))

Answer 1

据我所知，“相关性”信息与给定的搜索(而不是稍后可能下载的记录摘要或完整记录)相关联，也没有分数或类似的说法说，在请求搜索返回的数据中，给定的搜索结果有多相关。

另一方面，我认为sort=relevance的论点起到了作用。如果将相同的搜索发送两次，则in的顺序相同：

default_search = entrez_search(db="pubmed", term=query, retmax=30)
default_search_again = entrez_search(db="pubmed", term=query, retmax=30)
all(default_search$ids == default_search_again$ids)

。

[1] TRUE

而将订单设置为relevance会更改顺序：

rel_search = entrez_search(db="pubmed", term=query, retmax=30, sort="relevance")
default_search$ids == rel_search$ids

。

 [1]  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE
[13] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE
[25] FALSE FALSE  TRUE  TRUE FALSE FALSE

稍后对摘要、提取和链接函数的调用应该保持此顺序，因此这可能是最简单的(仅？)跟踪相关信息的方法？

Answer 2

extract_from_esummary用于paper_data口香糖，并调用选定的参数。在你的例子中，它是pubdate。

当您检查paper_data的结构时，例如通过使用str(paper_data)，您将注意到可以作为extract_from_esummary的第二个参数的元素，例如通过ISSN进行排序：

issn <- extract_from_esummary(paper_data, c("issn"))

对你来说不幸的是，我看不出任何类似相关的东西。