限制排列(permute)使用shuffleSet失败，并使用混乱运行。

Question

我正在使用纯素包在中华人民共和国工作，但当我试图对结果执行Anova时，会遇到麻烦。我收到以下错误消息：

Error in doShuffleSet(spln[[i]], nset = nset, control) : 
  number of items to replace is not a multiple of replacement length

这个问题源于永久包的洗牌集功能。我在下面创建了一个可重复的示例。奇怪的是，洗牌功能不会造成麻烦，但洗牌集功能会带来麻烦。

在我的实验中，对4只动物进行了3次处理。动物按不同的顺序接受治疗。每天收集5份样品。

我想改变我对动物的观察，而不是它们之间的观察。因此，我使用AnimalID作为块。

我想改变几天(在我的实际实验中，动物多次接受相同的治疗)，但在一天内保持测量不变。因此，我选择自由地改变每一天，在几天内没有变化。

require(permute)    
TreatmentLevels=3
Animals=4
TimeSteps=5
AnimalID=rep(letters[1:Animals],each=TreatmentLevels*TimeSteps)
Time=rep(1:TimeSteps,Animals=TreatmentLevels)
#treatments were given in different order per animal. 
Day=rep(c(1,2,3,2,3,1,3,2,1,2,3,1),each=TimeSteps) 
Treatment=rep(rep(LETTERS[1:TreatmentLevels],each=TimeSteps),Animals)
dataset=as.data.frame(cbind(AnimalID,Treatment,Day,Time))

ctrl=how(blocks = dataset$AnimalID,plots = Plots(strata=dataset$Day,type = "free"),
          within=Within(type="none"), nperm = 999)

#this works
shuffle(60,control=ctrl)
#this giveas an error
shuffleSet(60,nset=1,control=ctrl)
shuffleSet(60,nset=10,control=ctrl)

问题似乎出在问题所在。因为这很管用

dataset$AnimalDay=factor(paste0(dataset$AnimalID,dataset$Day))
ctrl=how(plots = Plots(strata=dataset$AnimalDay,type = "free"),
          within=Within(type="none"), nperm = 999)

#this works
shuffle(60,control=ctrl)
shuffleSet(60,nset=1,control=ctrl)
shuffleSet(60,nset=10,control=ctrl)

Answer 1

关键问题似乎是nset = 1：生成置换，shuffleSet工作，但是打印结果失败，因为一个集合被丢弃到一个向量中，而print需要一个矩阵。你可以得到置换，你可以使用置换，但你不能print它。

我们得解决这个问题。