bash命令在tomcat/java Runtime.getRuntime.exec()中失败，但从命令行运行

Question

我有一个tomcat，它在shell中运行一个进程，因为java中没有几个实用程序可用。--这段代码在其他机器上工作得很好，但是我的公共服务器上有一个神秘的问题。

String[] textAnalysisPipeline = {
    "/bin/sh",
    "-c",
    "/bin/cat " + inputfileLoc +
    " | tee /tmp/debug1 | " + loadJar + " " + jarOptLookupLoc + " " + optHfstLoc +
    " 2>/dev/null | " + "tail -n+5" + // get rid of the header that hfst-ol.jar produces
    " | tee /tmp/debug2 | cut -f 1-2" + // get rid of the "0.0" weights
    " | tee /tmp/debug3 | " + cgConvLoc +
    " | tee /tmp/debug4 | " + vislcg3Loc + " -g " + vislcg3DisGrammarLoc +  // disambiguate with the constraint grammar
    " | tee /tmp/debug5 > " + outputfileLoc};
log.debug("Text analysis pipeline: "+textAnalysisPipeline[2]);
Process process = Runtime.getRuntime().exec(textAnalysisPipeline);
process.waitFor();

我将字符串打印到日志，它看起来如下：(path/to/不是实际的路径)

/bin/cat /path/to/inputFile | tee /tmp/debug1 | java -jar /path/to/hfst-ol.jar /path/to/analyser.ohfst 2>/dev/null | tail -n+5 | tee /tmp/debug2 | cut -f 1-2 | tee /tmp/debug3 | /usr/local/bin/cg-conv | tee /tmp/debug4 | /path/to/vislcg3 -g /path/to/grammar.rlx | tee /tmp/debug5 > /path/to/outputFile

如果我从日志中复制这个管道并从bash命令行运行它，我将得到所需的输出，直到管道的末尾。但是，当tomcat服务器运行命令时，它会生成一个空文件。调试文件debug1和debug2与预期的一样，但debug3和其后为空，这意味着管道在cut -f 1-2处失败(参见下面的更新1)。

OS - Fedora 22

java - openjdk 1.8.0_77

tomcat - 7.0.39

sh -> bash - 4.3.42(1)-release

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更新1：

这似乎不是cut的问题。我编写了一个简短的python脚本cut.py来实现与cut -f 1-2相同的功能(从每一行末尾删除'\t0.0' )

import re, sys
myRE = re.compile( r'\s+0\.0$' )
for line in sys.stdin :
    sys.stdout.write( myRE.sub( '', line ) )

使用cut.py代替cut，我也遇到了同样的问题。对于服务器debug3和更高版本来说，它是空的，但是如果我将日志中的粘贴复制到交互式shell中，那么一切都可以正常工作。

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更新2：

我还编写了一个简单的bash脚本来运行管道，这样tomcat/java只运行带有输入/输出文件名的一个参数的bash脚本。如果我从一个交互式的shell运行脚本，它可以工作，但是在tomcat中，使用shell脚本中的cut或cut.py，结果没有什么不同。

Answer 1

默认情况下，大多数系统上安装Tomcat的环境与您的用户不同。例如，它不会运行.bashrc .profile或登录脚本中的任何内容，因此在用户shell环境中设置的所有变量都是不同的。

您可以通过将env命令与两个用户进行比较来检查这一点:您的命令:您的命令，以及java程序调用它，如下所示：

String[] textAnalysisPipeline = {"/bin/sh","-c","/usr/bin/env > /tmp/env.txt"}; //or wherever the 'env' command is in your system
Process process = Runtime.getRuntime().exec(textAnalysisPipeline);
...

并将/tmp/env.txt和env执行的内容与用户进行比较.他们可能很不一样。

查找以下变量：

• 路径
• 克拉斯帕特
• JAVA_HOME

我过去已经有同样的问题了。我建议采取以下办法：

1. 对一切使用绝对路径，包括对"java“、"tee”、"tail“和libs (jar文件)的调用.你有你的命令；
2. 更改Tomcat运行的环境配置，以到达命令中调用的所有应用程序(通常通过调用配置所有必要PATH变量的脚本(不要忘记JAVA_HOME和CLASSPATH到jar文件！)。检查Startup.sh和Catalina.sh，找一个合适的地方把你的东西放进去；
3. 更改命令，将错误输出重定向到您的消息中的/dev/null，而是重定向到您的应用程序可以编写的某个日志文件(通常/tmp/exec.log很好)，这样您就可以确定shell执行问题了。我敢打赌，它会是这样的：sh: ****: command not found或Error: Unable to access jarfile，或者您的应用程序的某些消息无法定位一个对象，所以您将确定您在脚本中调用的应用程序不是在PATH环境变量中，或者您没有在其中包含哪些libs .通常都是

有关此问题的其他信息，请参阅https://www.mulesoft.com/tcat/tomcat-classpath。

希望这能帮上忙。

Answer 2

这主要是一个次要的或可能的解决办法，但您的管道可以大大简化。cat是无用，tail和cut可以用一个Awk脚本替换。

tee /tmp/debug1 <path/to/inputFile |
java -jar path/to/hfst-ol.jar path/to/analyser.ohfst 2>/dev/null |
tee /tmp/debug2 |
awk -F '\t' 'NR>5 { print $1 FS $2 }' |
tee /tmp/debug3 |
/usr/local/bin/cg-conv |
tee /tmp/debug4 |
path/to/vislcg3 -g path/to/grammar.rlx |
tee /tmp/debug5 > path/to/outputFile

Answer 3

您可以使用ProcessBuilder。使用单字符串形式的Runtime.exec不是一种好的样式.更好的选择是使用ProcessBuilder，自己拆分参数，而不是依赖Java为您拆分它们，这是非常天真的。

ProcessBuilder pb = new ProcessBuilder("/bin/bash", "-c", /*...*/);
pb.redirectErrorStream(true);
Process p = pb.start();