使用Rcpp在R包中添加外部库

Question

我正在尝试开发一个R软件包，它使用日晷 C库来求解微分方程。为了不让用户安装库，我将库的源代码放在包中。

我已经将库中的所有头文件放在/inst/include/sundials-2.6.2中，.c文件放在包文件夹的src/sundials-2.6.2中。

从我阅读有关这个主题的SO文章来看，多个文件中代码的sourceCpp (例如，单独的.h和.cpp文件)应该可以工作，如果它们是包的一部分。我正在尝试从Sundials包运行一个示例代码文件。

我的代码(只是开头部分)看起来有点像

#include <Rcpp.h>

#include "../inst/include/sundials-2.6.2/cvode/cvode.h"             /* prototypes for CVODE fcts., consts. */
#include "../inst/include/sundials-2.6.2/nvector/nvector_serial.h"  /* serial N_Vector types, fcts., macros */
#include "../inst/include/sundials-2.6.2/cvode/cvode_dense.h"      /* prototype for CVDense */
#include "../inst/include/sundials-2.6.2/sundials/sundials_dense.h" /* definitions DlsMat DENSE_ELEM */
#include "../inst/include/sundials-2.6.2/sundials/sundials_types.h" /* definition of type realtype */

但是，我收到了一个错误

fatal error: sundials/sundials_nvector.h: No such file or directory

我在下面的github存储库中做了类似的例子

Rcppsundials - https://github.com/AleMorales/RcppSundials.R/blob/master/src/cvode.cpp

调用头文件的

#include <cvodes/cvodes.h>           // CVODES functions and constants
#include <nvector/nvector_serial.h>  // Serial N_Vector
#include <cvodes/cvodes_dense.h>     // CVDense

并将头文件合并到/inst/include/文件夹下。

这是我尝试开发的第一个软件包，而且我也没有广泛地使用C/C++，所以在我试图编译这个程序时可能有一些非常愚蠢的东西。

顺便提醒一下--我能够在我的OSX机器上安装并运行一个示例，但目前我正在一台没有安装Sundials的Windows机器上工作。它确实安装了Rtools，所以我可以编译和运行示例Rcpp程序。

谢谢SN

Answer 1

外部库链接应通过以下设置完成：

R/
inst/
  |- include/
     |- sundials/ 
  |- header.h
src/
  |- sundials/
  |- Makevars
  |- Makevars.win
  |- action.cpp
man/
DESCRIPTION
NAMESPACE

然后添加以下内容：

PKG_LIBS = $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS)
PKG_CPPFLAGS =  -I../inst/include/ -I src/sundials

Makevars和Makevars.win的

在这里，我选择从文件夹名中删除日晷版本号。

编辑

我已经完成了编译包所需的修补程序：

https://github.com/sn248/Rcppsbmod/pull/1

注意：

其结构是：

inst/
  |- include/
     |- sundials/  
        |- arkode/
        .....
        |- nvector/  
        |- sundials/ 
  |- header.h

这将迫使include语句如下：

#include <sundials/cvodes/cvodes.h>           // CVODES functions and constants
#include <sundials/nvector/nvector_serial.h>  // Serial N_Vector
#include <sundials/cvodes/cvodes_dense.h>     // CVDense

我改变了它是为了：

inst/
  |- include/
     |- arkode/
     .....
     |- nvector/  
     |- sundials/ 
  |- header.h

因此，声明将永远是：

#include <cvodes/cvodes.h>           // CVODES functions and constants
#include <nvector/nvector_serial.h>  // Serial N_Vector
#include <cvodes/cvodes_dense.h>     // CVDense