Anaconda的rdkit安装问题

Question

我正试图让rdkit使用Anaconda和Python2.7在我的Windows 7系统上工作。我一直遵循http://www.rdkit.org/docs/Install.html的指示

conda create -c https://conda.anaconda.org/rdkit -n my-rdkit-env rdkit
activate my-rdkit-env

然后我得到以下信息：

失活环境“C：\Anaconda2 2”。 激活环境“C：\Anaconda2 2\envs\my-rdkit-env”

然而，如果我然后打开木星笔记本，并试图

import rdkit

它失败了

ImportError:没有名为rdkit的模块

任何帮助都将不胜感激！

Answer 1

我也有同样的问题，但是

conda install -c conda-forge rdkit

轻松地解决了问题。

Answer 2

我解决了问题。请通过conda安装ipykernel，它应该正常工作。

Answer 3

问题是，您并没有真正使用conda环境来运行jupyter笔记本。要验证这种情况，请在终端窗口中运行，并在jupyter笔记本中插入以下代码：

import sys
print(sys.path)

在我的例子中，我运行了python脚本，得到了终端窗口

''，'/home/sputnik/.conda/envs/compchem/lib/python310.zip'，'/home/sputnik/.conda/envs/compchem/lib/python3.10'，'/home/sputnik/.conda/envs/compchem/lib/python3.10/lib-dynload'，'/home/sputnik/.conda/envs/compchem/lib/python3.10/site-packages‘

脚本运行./script.py

'/home/sputnik‘、'/usr/lib/python38.zip’、'/usr/lib/python3.8‘、'/usr/lib/python3.8/lib-dynload’、‘/usr/local/lib/python3.8/dist’、‘/usr/lib/python3/dist’

在我的例子中，解决方案是显式地运行调用python的脚本。

python ./script.py

对于木星笔记本，您需要确保它在正确的环境中运行。您可以使用此包来帮助：

pip install environment_kernels

并从以下网站获得更多信息：

http://stuartmumford.uk/blog/jupyter-notebook-and-conda.html