解析venn表在R中创建Venn图

Question

我有包含Venn图值的表，我试图将这些值读入R并解析，以便用VennDiagram包绘制图。我的桌子是这样的：

H3K27AC.bed H3K4ME3.bed gencode.bed Total   Name
        X   19184   gencode.bed
    X       6843    H3K4ME3.bed
    X   X   3942    H3K4ME3.bed|gencode.bed
X           5097    H3K27AC.bed
X       X   1262    H3K27AC.bed|gencode.bed
X   X       4208    H3K27AC.bed|H3K4ME3.bed
X   X   X   9222    H3K27AC.bed|H3K4ME3.bed|gencode.bed

我可以把这张桌子读成这样的数据：

> venn_table_df<-read.table(venn_table_file,header = TRUE,sep = "\t",stringsAsFactors = FALSE)
> venn_table_df
  H3K27AC.bed H3K4ME3.bed gencode.bed Total                                Name
1                                   X 19184                         gencode.bed
2                       X              6843                         H3K4ME3.bed
3                       X           X  3942             H3K4ME3.bed|gencode.bed
4           X                          5097                         H3K27AC.bed
5           X                       X  1262             H3K27AC.bed|gencode.bed
6           X           X              4208             H3K27AC.bed|H3K4ME3.bed
7           X           X           X  9222 H3K27AC.bed|H3K4ME3.bed|gencode.bed

我可以像下面这样从表中获取venn图的类别

> venn_categories<-colnames(venn_table_df)[!colnames(venn_table_df) %in% c("Total","Name")] 
> venn_categories
[1] "H3K27AC.bed" "H3K4ME3.bed" "gencode.bed"

我甚至可以制作一个简单易懂的汇总表，比如：

> venn_summary<-venn_table_df[!colnames(venn_table_df) %in% venn_categories]
> venn_summary
  Total                                Name
1 19184                         gencode.bed
2  6843                         H3K4ME3.bed
3  3942             H3K4ME3.bed|gencode.bed
4  5097                         H3K27AC.bed
5  1262             H3K27AC.bed|gencode.bed
6  4208             H3K27AC.bed|H3K4ME3.bed
7  9222 H3K27AC.bed|H3K4ME3.bed|gencode.bed

但是，让我感到困惑的是如何将值从表中提取出来，并将它们正确地分配到venn图的区域。作为参考，三重venn函数如下所示：

n1<-5097
n2<-6843
n3<-19184

n12<-4208
n13<-1262
n23<-3942

n123<-9222

venn <-draw.triple.venn(area1=n1+n12+n13+n123,
                        area2=n2+n23+n12+n123,
                        area3=n3+n23+n13+n123,
                        n12=n12+n123,
                        n13=n13+n123,
                        n23=n23+n123,
                        n123=n123,
                        category=venn_categories,
                        fill=c('red','blue','green'),
                        alpha=c(rep(0.3,3)))

但是很明显，这需要手动设置值，这是不可取的，因为我有很多这样的数据集，而且还需要扩展到4路和5路的venn。我如何才能得到R来为venn中的每个字段找到正确的值？我尝试了多种不同的方法，使用grep、grepl，并为匹配图中每个区域的类别的行设置数据，但这没有正确工作。有什么建议吗？顺便说一下，这些数据是从荷马软件包的mergePeaks程序输出的。

Answer 1

如果有人发现这是有用的，现在有一个非常简单的过程，把这些数字变成一个近似成比例的Venn图。用nVennR包创建图表的方法之一是从头开始。正如在格列奈特中所解释的，每个区域的值都是按特定顺序输入的，这恰好与表中的值相同。唯一的区别是，nVennR在开始时需要多一个值，对应于外部区域(这个值应该是0，但无论如何它将被忽略)。这使得这个过程非常容易：

> vt <- read.table('clipboard', header = T)
> vt
  H3K27AC.bed H3K4ME3.bed gencode.bed Total                                Name
1           0           0           X 19184                         gencode.bed
2           0           X           0  6843                         H3K4ME3.bed
3           0           X           X  3942             H3K4ME3.bed|gencode.bed
4           X           0           0  5097                         H3K27AC.bed
5           X           0           X  1262             H3K27AC.bed|gencode.bed
6           X           X           0  4208             H3K27AC.bed|H3K4ME3.bed
7           X           X           X  9222 H3K27AC.bed|H3K4ME3.bed|gencode.bed
> myV <- createVennObj(nSets = 3, sNames = c('H3K27Ac', 'H3K4ME3', 'gencode'), sSizes = c(0, vt$Total))
> vp <- plotVenn(nVennObj = myV)

其结果是：

这个过程的另一个优点是它可以扩展到更多的组。