适用于不同数据集的循环和EEGLAB的条件

Question

我必须分析一些脑电数据，并试图使预处理过程自动化。

我有40个参与者。每个参与者都有4个不同的文件，用于4种条件。

所以这些文件被保存为

1-1  
1-2  
1-3  
1-4  
2-1  
2-2  
2-3  
2-4  
...  

最多40-4

这些文件来自BioSemi (.bdf)

我已经能够自动化的预处理过程，但每次我必须选择不同的文件，运行脚本，并保存它。

我想要运行一个for循环来完成这一切(取1-1，运行预处理，保存，取1-2.等等)。

跟着我，我正在粘贴我到目前为止所得到的东西。

我一整天都在尝试编写一个for循环，但它只是不起作用。

我真的很感谢你的帮助。

这是当前的预处理脚本：

subject = '1-1.bdf'  

%Open EEGLAB and inizialize several EEGLAB variables (listed in the output
%function  
[ALLEEG EEG CURRENTSET ALLCOM] = eeglab;  

%Load a file  
%EEG=pop_loadset;  % pop up window to input arguments  

EEG = pop_biosig(subject)  %Reads in the dataset frin a BIOSEMI file  

% Stores the dataset into EEGLAB  
[ALLEEG EEG CURRENTSET ] = eeg_store(ALLEEG, EEG);  

%Change sampling rate to 512  
EEG = eeg_checkset( EEG );    
EEG = pop_resample( EEG, 512);    
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, CURRENTSET); %save it as a new dataset  

% Edit Channel Location  
EEG = eeg_checkset( EEG );  
EEG=pop_chanedit(EEG, 'lookup','D:\\Matlab\\eeglab_current\\eeglab13_5_4b\\plugins\\dipfit2.3\\standard_BESA\\standard-10-5-cap385.elp');  
% Store the dataset into EEGLAB  
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off');  

% Add some comments  
EEG.comments = pop_comments(EEG.comments,'','Sampling rate was changed to 512.',1);  
% You can see the comments stored with the dataset either by typing >> EEG.comments or selecting the menu option Edit->About this dataset.  

%Select Data. Remove EXG5:EXG8   
EEG = eeg_checkset( EEG );  
EEG = pop_select( EEG,'nochannel',{'EXG5' 'EXG6' 'EXG7' 'EXG8'});  
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off');  


%HighPassFilter 0.5  
EEG = eeg_checkset( EEG );  
EEG = pop_eegfilt( EEG, 0.5, 0, [], [0], 0, 0, 'fir1', 0);  
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off');  

%LowPassFilter 50  
EEG = eeg_checkset( EEG );  
EEG = pop_eegfilt( EEG, 0, 50, [], [0], 0, 0, 'fir1', 0);  
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off');  


%ReReference to 35 36 (EXG3. EXG4)  
EEG = eeg_checkset( EEG );  
EEG = pop_reref( EEG, [35 36] );  
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off');   

% Reject Continuous By Eye  
EEG = eeg_checkset( EEG );  
pop_eegplot( EEG, 1, 0, 1);  

eeglab redraw % Update the EEGLAB window to view changes  

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

%Automatic Channel Rejection  
EEG = eeg_checkset( EEG );  
EEG = pop_rejchan(EEG, 'elec',[1:34]   ,'threshold',5,'norm','on','measure','prob');  
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off');  

eeglab redraw % Update the EEGLAB window to view changes 

Answer 1

下面是如何访问循环中的文件名，以便运行MATLAB脚本。最简单的方法就是将您的.bdf文件单独放到文件夹中。然后编写一个包装所需功能的函数，如下所示：

function run_script_with_loop(pathname)

file_struct_list = dir([pathname filesep() '*.bdf']);  %% get list of .bdf files in the pathname specified

filename_list = {file_struct_list.name};  %% extract the filenames into a cellarray
for subject = filename_list  %% this iterates over the elements of the cell array, one-by-one, setting the `filename` variable like a loop variable
    [ALLEEG EEG CURRENTSET ALLCOM] = eeglab;  
    full_pathname = [pathname filesep() subject{1}];
    EEG = pop_biosig(full_pathname);  %% perform your processing
    ...
end

几点意见：

• 我试图对filesep()的使用不了解平台，所以这应该适用于linux / mac/ windows。如果您在与数据文件相同的目录中运行代码，那么当然可以简化这一点
• 在取消引用{}时，请确保使用大括号subject。如果您在subject(1)中使用标准matlab数组引用，那么您将得到一个包含文件名字符串的单元格数组，而不仅仅是普通的文件名字符串。
• MATLAB中的dir()命令就像windows中的dir或Linux中的ls一样，您可以使用通配符获取自定义的文件列表，比如dir('1-*.bdf')，只获取主题1的数据文件列表。