如何从RDA图中排除参数

Question

相对来说，我在R中操纵阴谋的经验还不多，我需要帮助。我使用rda()函数在R中运行冗余分析，但现在我需要简化这个数字以排除不必要的信息。我目前使用的代码是：

abio1516<-read.csv("1516 descriptors.csv")
attach(abio1516)
bio1516<-read.csv("1516habund.csv")
attach(bio1516)
rda1516<-rda(bio1516[,2:18],abio1516[,2:6])

anova(rda1516)
RsquareAdj(rda1516)
summary(rda1516)

  varpart(bio1516[,2:18],~Distance_to_source,~Depth, ~Veg._cover, ~Surface_area,data=abio1516)
plot(rda1516,bty="n",xaxt="n",yaxt="n",main="1516; P=, R^2=",
     ylab="Driven by , Var explained=",xlab="Driven by , Var explained=")

制作的情节如下：

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请帮助我修改我的代码:排除站点(sit#)、所有轴和内部虚线。

我也希望扩展字段的大小，或者将向量标签移动到所有适合于绘图字段的位置。

按响应更新，这一点下的工作代码

plot(rda,bty="n",xaxt="n",yaxt="n",type="n",main="xxx",ylab="xxx",xlab="xxx
Overall best:xxx")

abline(h=0,v=0,col="white",lwd=3)
points(rda,display="species",col="blue")
points(rda,display="cn",col="black")
text(rda,display="cn",col="black")

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Answer 1

首先，用type = "n"绘制rda，这将生成一个空图，您可以在其中添加所需的内容。虚线是硬编码到plot.cca函数中的，所以您需要自己制作版本，或者使用abline隐藏它们(然后使用box来掩盖轴上的漏洞)。

require(vegan)
data(dune, dune.env)
rda1516 <- rda(dune~., data = dune.env)

plot(rda1516, type = "n")
abline(h = 0, v = 0, col = "white", lwd = 3)
box()
points(rda1516, display = "species")
points(rda1516, display = "cn", col = "blue")
text(rda1516, display = "cn", col = "blue")

如果text标签位置不正确，可以使用参数pos来移动它们(只要用整数1-4的箭头数将标签向下、左、上或右移动，就可以创建一个向量)。(可能有更好的解决办法)