从特定的节点矩阵中用Matlab绘制网络

Question

我有一个节点列表，我想在它们之间画一个间接网络。例如，我有以下内容：

S=['A0JLT2 ','A0JLT2 ','A0MZ66 ', 'A1A4E9 ', 'A1A4H1 ','A1L162 ','A1L4K1 ']

T=['Q3L8U1','Q6IAN0','Q76FK4','Q9H8H2','Q6PJR7','P05787-2',' A0A0C4DH19']

可以看出，矩阵源形成源节点，矩阵目标形成目标节点(例如，矩阵S的第一个元素作为节点1连接到矩阵T的第一个元素作为节点2.等等)。

Answer 1

您可以使用biograph()。

这样的函数，给定连接矩阵(即阶n的平方矩阵，其中n是节点数)，如果第一个节点连接到第j节点和0，则1位于i,j位置)，最终节点in (您的S和T)将返回一个BioGraph对象，然后由于view()函数，您可以绘制网络。

您也可以很容易地在文档页这里上找到一些很好的例子。我的建议是仔细阅读文档，biograph()确实是一个强大的工具，具有高度的定制性:您可以获得惊人的网络绘图。

我的建议是，首先将S和T写成单元格数组而不是矩阵。由于单元格数组中的每个单元格都更灵活，节点可以有更短/更长的名称：

S={'A0JLT2','A0JLT2','A0MZ66', 'A1A4E9', 'A1A4H1','A1L162','A1L4K1'};
T={'Q3L8U1','Q6IAN0','Q76FK4','Q9H8H2','Q6PJR7','P05787-2','A0A0C4DH19'};

另外，您之前所做的是创建一个长字符串，因为字符串连接，但这是Matlab如何对待“行”字符数组。

因此，总共有13个节点，是时候将边缘列表(源-目的地对)转换为邻接矩阵(或连接矩阵)了。首先，让我们用唯一的ID映射每个节点名称，您可以轻松地执行以下操作：

nodeIDs=unique([S,T]);
for i=1:length(nodeIDs)
    mapTable{i,1}=i;
    mapTable{i,2}=nodeIDs{i};
end

mapTable将有以下形式：

mapTable = 

    [ 1]    'A0A0C4DH19'
    [ 2]    'A0JLT2'    
    [ 3]    'A0MZ66'    
    [ 4]    'A1A4E9'    
    [ 5]    'A1A4H1'    
    [ 6]    'A1L162'    
    [ 7]    'A1L4K1'    
    [ 8]    'P05787-2'  
    [ 9]    'Q3L8U1'    
    [10]    'Q6IAN0'    
    [11]    'Q6PJR7'    
    [12]    'Q76FK4'    
    [13]    'Q9H8H2'    

现在创建邻接矩阵，如上面所解释的：

AdjMatrix=zeros(length(nodeIDs));                          % start matrix as all zeros
for i=1:length(S)                                          % since length(S)=length(T) you can use either the former or the latter 
    idxS=find(cellfun(@(x) strcmp(x,S{i}),mapTable(:,2))); % find the index in mapTable for the i-th element in S
    idxT=find(cellfun(@(x) strcmp(x,T{i}),mapTable(:,2))); % same as above but with i-th element from T
    AdjMatrix(idxS,idxT)=1;                                % set that element as 1
end

创建BioGraph对象并显示：

bobj=biograph(AdjMatrix,nodeIDs);
view(bobj);

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