upper.tail和1- lower.tail为什么不同？(过度表象的fisher精确检验)

Question

费舍尔精确检验通常用于对路径中基因列表的过度表示分析。请考虑以下应急表示例：

              in pathway
                 Y   N
in gene list  Y 90  110  |  200 
              N 10  790  |  800
              ------------------
               100  900  | 1000

在R中，基于过度表示分析的费舍尔检验主要有两种方法，第一种是使用fisher.test (以应变矩阵作为输入)。

fisher.test(matrix(c(90,10,110,790), nrow = 2), alternative = 'greater')$p.value
[1] 1.486473e-59

第二种方法是使用phyper (孟的注释给出了一个很好的解释如何使用叶，包括为什么"-1"，以及什么是q，m，n，k的确切含义。)：

phyper(q=90-1, m=100, n=900, k=200, lower.tail = FALSE)
[1] 1.486473e-59

我的问题是:为什么这与：

1 - phyper(q=90-1, m=100, n=900, k=200, lower.tail = TRUE)
[1] 0

Answer 1

phyper的C级代码避免了某些计算(这会导致浮点数值误差)，因此，当您专门询问您感兴趣的尾部时，就会更加准确。