将多个文件串联成一组文件

Question

我对BASH脚本非常陌生，需要一些帮助。

我试图将312个文件连接到39个文件组中，这些文件的文件名非常糟糕。一个组的文件系列如下：

C9F4BANXX-1959-01-21-01_L 003_R1快速q C9F4BANXX-1959-01-21-01_L 004_R1快速q C9F4BANXX-1959-01-21-01_L005_R1快速q C9F4BANXX-1959-01-21-01_L 006_R1快速q

要将这个组连接起来，我使用以下方法(我确信它非常笨重--但它很有效)：

cat *-01-*_*_R1.fastq > 01_R1.fastq

文件在第三个字符串中的名称(粗体)不同，即

C9F4BANXX-1959-01-21-01_L003_R1.fastq C9F4BANXX-1959-02-21-01_L003_R1.fastq

我很难理解如何设置一个循环来根据文件名中所示的位置来迭代每组4个文件的连接。

谢谢你的帮助

Answer 1

如果我正确理解这个问题，你可以使用for循环。

您可以在子seq中使用seq来填充数字。

for i in $(seq -f "%02g" 1 39);do cat *-"$i"-*_*_R1.fastq > "$i"_R1.fastq ;done