通过ImageJ通过Bio7发送到R的测试图像的不等列数

Question

今天我发现了一个奇迹，那就是Bio7。这个像eclipse一样的IDE结合了R和ImageJ，他们的网站有关于如何用这种组合进行图像特征提取和ML的教程。

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我已经完成了本教程，但我没有尝试对单个图像的部分进行分类，而是处理超过10万幅图像。

我发现，我可以获得符合测试和控制的数据，但前提是我没有在测试数据中选择ROI。当数据对象--一旦传递给R并使用适当指定的as.data.frame(matrix(unlist()))语句进行转换--时，我不得不怀疑，如果没有指明ROI的值，那么在分类方面是否会丢失很多值。

在ROI管理器中指定ROI之后，如何才能得到一个R对象，该对象在指定ROI管理器中的ROI之后，每个图像(或图像序列的每个帧/片)有一个元素(即矩阵列表中的一个矩阵，或其他任何元素)？

Answer 1

还请参见YouTube：

3ZSlGl2kcrp&index=3

而“选择”按钮只传输选择坐标，而不是像素数据。

请参见：

https://www.youtube.com/watch?v=P2NflfBB2Tg

Answer 2

问题是“像素”操作只从一个选择中传输像素数据。如果您不想使用ImageJ的ROI管理器，则此操作是额外可用的。

如果您导入图像序列，您可以使用"Pixel“操作从ROI管理器以最佳的数据效率数据类型传输一个ROI。

文档：

http://bio7.org/manual/Main.html#toc-Subsection-4.4.3

http://bio7.org/manual/Main.html#toc-Subsubsection-4.4.3.1

此外，您还可以使用Java传输图像(导入的图像序列作为堆栈)，然后逐个对图像进行分类和存储，例如使用调用Rserve的Groovy或Jython脚本。

参见这里的示例：

http://bio7.622846.n4.nabble.com/Use-ProcessAviStack-Java-tp4640289p4640290.html

关于您可以将映像序列作为虚拟堆栈(磁盘驻留映像)导入以节省RAM内存，请参见：

https://imagej.nih.gov/ij/docs/guide/146-8.html