强制HCPC对象使用库(Ape)

Question

我目前正在执行分级群集。我选择使用FactoMineR是因为它有一个很好的数据探测管道: data->MFA->HCPC。

data("wine")
names(wine)
res<-MFA(wine,group = c(2,5,3,10,9,2),type=c("n",rep("s",5)),
         ncp=5,name.group = c("orig","olf","vis","olfag","gust","ens"),
         num.group.sup = c(1,6))

res.hcpc<-HCPC(res, nb.clust=0, consol=F, iter.max=10, min=3, 
           max=NULL, metric="euclidean", method="ward", order=TRUE,
           graph.scale="sqrt-inertia", nb.par=5, graph=TRUE, proba=0.05, 
           cluster.CA="rows",kk=Inf)

#Now for some nice plots
plot(res.hcpc,draw.tree = T,choice = "tree")
plot(res.hcpc,draw.tree = T,choice = "bar")

当我想要得到答案的时候，这些已经足够了，但是我想展示这些树。我想让他们在library(ape) - 示例上打扮一下

问题是这些函数需要一个hclust对象。我的一个选择是使用MFA结果并使用hclust函数作为：res.hc<-hclust(dist(res$global.pca$ind$coord),method = "ward.D2")来构建hclust对象。

这确实有效，但是我发现HCPC给出的信息更能提供更多的信息(答案与hclust不同)。因此，我希望使用HCPC对象，而不是hclust，但仍然能够使用library(ape)中的函数。想知道怎样才能把HCPC 胁迫给 hclust

Answer 1

图书馆(Ape)

hcpcTree<-res.hcpc$call$t$tree
apeTree<-as.phylo(hcpcTree)

用于库(Stats)

dendextendTree<-as.phylo.dendrogram(hcpcTree)