Python、NetCDF4和HDF5

Question

我不知道为什么这些软件包总是那么难安装。我已经使用了很长一段时间了，无论是在Linux上还是OSX上，无论是C、C++还是现在的python，让它们安装或运行都是一次纯粹的恐怖之旅。对于许多人来说，netcdf4和hdf5之间的简单依赖是一个巨大痛苦的来源，我真的希望这些包的开发人员能够对此做些什么。

因此，我面临的最新具体问题是:我正在尝试为python安装netCDF4。我得到以下错误：

Package hdf5 was not found in the pkg-config search path
Perhaps you should add the directory containing `hdf5.pc'

我尝试使用apt安装hdf5包，包括：

• libhdf5 5系列-dev
• libhdf5 5系列
• libhdf5 5-7
• python-h5py
• libhdf5-dev
• hdf5 5-工具
• hdf5 5-助理员
• libhdf5-7-dbg

使用pip，我试着：

pip install h5py

它不幸地失败了，无法解决对Cython的依赖，然后我手动安装了Cython。之后，它安装了(显然)，但我在任何地方都找不到hdf5.pc文件。

我要把头发拔出来。有人知道怎么解决这个问题吗？

Answer 1

当您混合分发包和自建包时，您会增加问题的可能性(正如您正在发现的)。

另外，您想要h5py还是想要netcdf-python？我不认为netcdf-python依赖于h5py。相反，netcdf-python绑定到depends库，而后者又依赖于C HDF5库。

h5py同样绑定到C HDF5

有很多软件涉及到，这是真的。一步一步地完成你的工作，它最终会更有意义(一个已经做了15年的人说…它变得更容易！)

1. 如果要执行任何并行编程，则需要MPI实现
2. HDF5现在为NetCDF4提供了基础。如果您想要并行编程，请根据MPI实现构建HDF5。
3. 安装NetCDF4的C库
4. 现在python绑定可以从NetCDF4、HDF5和MPI中获取它们所需的内容。

是的，这是很多软件的配置和构建。pkg-config在这里有很大的帮助！当您看到Package hdf5 was not found in the pkg-config search path时，这意味着您应该调整您的PKG_CONFIG_DIR以指向package文件的位置。不幸的是，hdf5没有提供一个.pc (Package)文件，所以您只能手工完成这个部分。哦，而且netcdf也没有提供pkg-config :它提供了netcdf-python将使用的脚本netcdf。

让我举一个具体的例子：

• 安装在/home/robl/soft/mpich-master中的MPICH-主机
• HDF5安装在/home/robl/soft/hdf5-1.8.16 中
  • 例如，配置为../../hdf5-1.8.16/configure --prefix=/home/robl/work/soft/hdf5-1.8.16 CC=/home/robl/work/soft/mpich/bin/mpicc --enable-parallel

​

• NetCDF4安装在/home/robl/soft/netcdf-master 中
  • 例如，配置为./configure CC=${HOME}/work/soft/mpich/bin/mpicc --prefix=${HOME}/work/soft/netcdf-master CPPFLAGS=-I${HOME}/work/soft/hdf5-1.8.16/include LDFLAGS=-L${HOME}/work/soft/hdf5-1.8.16/lib

​

现在，您已经拥有了netcdf-python的所有预申购器。

顺便说一句，http://unidata.github.io/netcdf4-python/列出了先决条件和必要的配置选项。

不要被有关hdf5.pc的唠叨所困扰。如果您的路径中有nc，它将提供所需的信息。

如果您正在构建并行编程，请将CC设置为MPI编译器。如果没有，可以跳过导出CC=.‘’。步骤：

cd netcdf-python
export CC=${HOME}/work/soft/mpich/bin/mpicc
export PATH=${HOME}/work/soft/netcdf-master/bin:${PATH}
python setup.py build