在django框架中使用java代码

Question

好的，我有一个简单的界面，我用Django框架设计了这个界面，它接受用户的自然语言输入，并将其存储在表中。

此外，我使用Java构建了一个管道，使用cTAKES库进行命名实体识别，即它将接受用户提交的文本输入，并使用相关的UMLS标记对其进行注释。

我想要做的是接受用户提供的输入，然后将其提交一次，将其导入我的java管道，然后将带注释的输出反馈到数据库中。

我对这方面的web开发很陌生，在这个意义上，我真的找不到任何关于集成脚本的东西。所以，如果有人能给我指出一个有用的资源，或者只是在一个正确的方向，那将是非常有帮助的。

=========================更新：

好的，所以我已经知道子流程是我想要在这个上下文中使用的模块，我尝试根据文档实现一些简单的代码，但是我得到了一个

Exception Type: OSError
Exception Value: [Errno 2] No such file or directory
Exception Location: /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/subprocess.py in _execute_child, line 1335.  

我试图做的事情的一个简单的概述：

这是我在视图中的代码。它的目的是从模型表单中获取文本输入，将其发布到DB中，然后将该输入传递到我的脚本中，该脚本生成一个XML文件，该文件存储在DB中的另一列中。我对django非常陌生，所以我很抱歉，如果这是一个简单的修复，但我找不到任何文档有关django的子进程是有帮助的。

def queries_create(request):
    if not request.user.is_authenticated():
       return render(request, 'login_error.html')


    form = QueryForm(request.POST or None)
    if form.is_valid():
      instance = form.save(commit=False)
      instance.save()
      p=subprocess.Popen([request.POST['post'], './path/to/run_pipeline.sh'])
      p.save()

    context = {

      "title":"Create",
      "form": form,

    }
    return render(request, "query_form.html", context) 

模型代码片段：

class Query(models.Model):
  problem/intervention = models.TextField()

  updated = models.DateTimeField(auto_now=True, auto_now_add=False)
  timestamp = models.DateTimeField(auto_now=False, auto_now_add=True)

更新2:好的，通过更改子进程代码，代码不再中断，如下所示

def queries_create(request):
    if not request.user.is_authenticated():
       return render(request, 'login_error.html')


    form = QueryForm(request.POST or None)
    if form.is_valid():
      instance = form.save(commit=False)
      instance.save()
      p = subprocess.Popen(['path/to/run_pipeline.sh'], stdin=subprocess.PIPE,     
      stdout=subprocess.PIPE)
      (stdoutdata, stderrdata) = p.communicate()
      instance.processed_data = stdoutdata
      instance.save()

    context = {

      "title":"Create",
      "form": form,

    }
    return render(request, "query_form.html", context) 

但是，我现在得到了一个“未能找到或加载主类pipeline.CtakesPipeline”，因为脚本在这个工作目录中的shell上运行得很好。这就是我试图用子进程调用的脚本。

#!/bin/bash

INPUT=$1
OUTPUT=$2
CTAKES_HOME="full/path/to/CtakesClinicalPipeline/apache-ctakes-3.2.2"
UMLS_USER="####"
UMLS_PASS="####"
CLINICAL_PIPELINE_JAR="full/path/to/CtakesClinicalPipeline/target/
CtakesClinicalPipeline-0.0.1-SNAPSHOT.jar"

[[ $CTAKES_HOME == "" ]] && CTAKES_HOME=/usr/local/apache-ctakes-3.2.2

CTAKES_JARS=""
for jar in $(find ${CTAKES_HOME}/lib -iname "*.jar" -type f)
do
  CTAKES_JARS+=$jar
  CTAKES_JARS+=":"
done

current_dir=$PWD
cd $CTAKES_HOME

java -Dctakes.umlsuser=${UMLS_USER} -Dctakes.umlspw=${UMLS_PASS} -cp    
${CTAKES_HOME}/desc/:${CTAKES_HOME}/resources/:${CTAKES_JARS%?}:
${current_dir}/${CLINICAL_PIPELINE_JAR} -    
-Dlog4j.configuration=file:${CTAKES_HOME}/config/log4j.xml -Xms512M -Xmx3g   
pipeline.CtakesPipeline $INPUT $OUTPUT

cd $current_dir

我不知道该如何修复这个错误，所以任何帮助都是非常感谢的。

Answer 1

如果我正确地理解了您，您希望将request.POST‘的值输送到程序run_pipeline.sh，并将输出存储在实例的一个字段中。

1. 您不正确地调用subprocess.Popen。它应该是： p = subprocess.Popen(['/path/to/run_pipeline.sh'], stdin=subprocess.PIPE, stdout=subprocess.PIPE)
2. 然后传入输入并读取输出。 (stdoutdata, stderrdata) = p.communicate()
3. 然后保存数据，例如在实例的一个字段中 instance.processed_data = stdoutdata instance.save()

我建议您首先确保调用在Python中工作的子进程，然后将其集成到Django应用程序中。

请注意，在请求中创建一个(可能长时间运行的)子进程是非常糟糕的做法，并可能导致许多问题。最佳做法是在作业队列中委托长期运行的任务。对于Django，芹菜可能是最常用的。不过，这也涉及到一些设置。