Cox回归python

Question

Python中是否有用于生存分析的包？具体来说，我有兴趣做一个考克斯回归？

我知道这个示例，但它是在R中的，我们能不能直接将Python与R接口(例如，使用rpy2)？

Answer 1

Python中的生命线包提供了生存分析，包括Cox比例风险适配器：https://lifelines.readthedocs.io/en/latest/

Answer 2

我只想从2020年7月起提供一个更最新的答案：

• 正如伊尔塞所提到的，生命线是一个用于所有生存分析的很好的软件包。它很好地发挥与pandas，并有一些伟大的可视化工具开箱。它正在不断发展和更新。此外，它的文件非常详尽。我甚至建议把它作为研究一般生存分析的起点。
• 苏吉特是另一种选择。虽然它缺乏一些生命线的功能，但它的优势在于它基于scikit-learn，这使得它很容易与您的管道中的其他构建块相结合。此外，它还包括ML生存算法的实现，如随机生存林和SSVMs。
• 最后，我们有PySurvival。我对这个框架没有经验，但它看起来也有很多算法。它是建立在顶部的PyTorch，以及其他。

Answer 3

还有一个库要添加到@arturo的列表中：

• PyCox：建立在PyTorch之上，并提供了一些基于深度学习的现代生存预测算法。