使用python的pubtator格式

Question

我有一个项目让DNorm软件运行特定的文件格式(Pubtator)。我有XML文件，我希望使用python将其更改为pubtator格式，以使其对DNorm可读。

Pubtator文件包含许多块。每个Pubtator块的格式如下:PMID_t_ The _a_

其中，PMID、ArticleTitle和AbstractText是XML块中的标记，而't‘和'a’在每次创建新块时都是常量。

我想帮助您如何使用Python检索XML标记值，并以Pubtator格式将其存储在新文件中。有任何示例代码或资源吗？

Answer 1

在做了一些谷歌研究之后，似乎没有标准的Pubtator解析器。因此，我建议您深入研究文本模式，并为您的目的建立一个本地标准。但您可以参考这作为参考。也许能帮你更好地理解Pubtator。