找到一行解决方案，将变量参数传递给R脚本

Question

我有两个主数据文件(datafile1和datafile2)，它们是由染色体分割的，所以我有一些文件如下所示：

datafile1_chr1.txt
datafile1_chr2.txt
datafile1_chr3.txt

datafile2_chr1.txt
datafile2_chr2.txt
datafile2_chr3.txt

我正在尝试编写一些Bash代码，它可以识别来自同一染色体的两个数据文件，并使用这两个文件作为变量运行一个R脚本。

我目前所拥有的是非常冗长的：

Rscript --vanilla matchdata.R datafile1_chr1.txt datafile2_chr1.txt
Rscript --vanilla matchdata.R datafile1_chr2.txt datafile2_chr2.txt
Rscript --vanilla matchdata.R datafile1_chr3.txt datafile2_chr3.txt

有人能为这件事提出一个单行解决方案吗？我不知道怎样才能在这里增加变量来帮助我。

Answer 1

一个简单的循环就足够了：

for i in {1..3}
do
    Rscript --vanilla matchdata.R datafile1_chr${i}.txt datafile2_chr${i}.txt
done

或者，在一行中：

for i in {1..3}; do Rscript --vanilla matchdata.R datafile{1,2}_chr${i}.txt; done

注意第二次使用支撑展开({1,2}) --它应该将datafile{1,2}_chr${i}.txt扩展为datafile1_chr${i}.txt datafile2_chr${i}.txt。