最近邻图的大网络图

Question

我在努力打造一个网络形象。--它基本上是来自特定节点w/对应颜色的第1和第2邻域的子网络。，我包含了创建第1和第2邻域的函数以及颜色，以及从这些列表创建subgraph的功能。

我认为颜色部分是工作的，但我真的不能说，因为布局是如此小。我尝试过扩展spring_layout(G) w/ 布局，但它似乎不起作用。

，我怎样才能创建一个网络图形，在这里我可以真正地可视化节点及其连接的大小呢？(~ 1000个节点)，我本来打算添加with_labels，但为了简单起见，我没有在图像中包括它。

我的主要目标是将根节点"c“(青色)、第一个邻居"b”(蓝色)和第二个邻居"g“(绿色)涂上颜色，使我能够阅读标签并查看连接。

我相信我已经提供了足够的代码，请告诉我，如果我需要添加更多，我会编辑。

import networkx as nx
from collections import defaultdict

def neighborhood(G,node_list):
    #G is the main nx.Graph() object that has ALL the nodes (~7000 nodes)
    D_node_neighborhood = defaultdict(list)
    for node in node_list:
        #Color 1st neighbors blue
        for n1 in G.neighbors(node):
            D_node_neighborhood[node].append((n1,"b"))
            #Color 2nd neighbors green
            for n2 in G.neighbors(n1):
                D_node_neighborhood[node].append((n2,"g"))
    return(D_node_neighborhood)

def subnetwork(G,D_node_neighborhood,root_color = "c"):
    D_node_subgraph = {}
    for node,nghbr_color in D_node_neighborhood.items():
        neighbors = [entry[0] for entry in nghbr_color]
        colors = [entry[1] for entry in nghbr_color]
        H = G.subgraph(neighbors + [node]) #Add root note to neighbors list and create subgraph
        D_node_subgraph[node] = (H,colors + [root_color]) #Do the same with the colors
    return(D_node_subgraph)

D_node_neighborhood.keys()[0] #Grab first one, this object is a list of tuples ("node-name","color-of-node") around 1000
G,colors = D_node_subgraph[node] #Separate them out
nx.draw(G,node_color=colors,node_size=10,alpha=0.8) #Draw the graph w/ corresponding colors

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Answer 1

如果我正确理解你的问题，你想要一个更大的数字。

你可以得到图形，并在实际绘图后增加它的大小。

nx.draw(G)
fig = plt.gcf()
fig.set_size_inches((10, 10))
plt.show()

为了探索您的图表，我建议使用一个更适合该任务的工具：伤寒。您可以可视化您的网络并连续应用不同的布局，甚至可以手动移动节点。

要从Networkx到Gephi，只需以graphml格式导出图形，如下所示：

nx.write_graphml(G, 'your_graph.graphml')