用caper读取r中newick格式的系统发育

Question

我希望用独立的对比来进行比较分析，我相信这在猿身上是可以做到的。我有一个newick格式的猫家族的发展史，当我试图在文件中阅读时，我会得到以下错误：

phy<-read.tree("phylogeny.txt")在if (sum(obj[i]$edge，1 == ROOT) == 1& dim(obj[i]$edge)1 >)中的错误:真/假需要的缺失值

有人能很好地向我解释一下这个错误是什么意思吗？

你好，K。

编辑，newick字符串发布如下：

(Tiger_108，leopard_024)，(Jaguar_026，(Lion_127，Leopard_028))，(Clouded leopard_25，(Sunda clouded Leopard_036)，((Serval_001，(Caracal_020，非洲黄金cat_002))，((Pampas cat_3，(TigrinaCA_13，TigrinaSA_6，Geoffroy‘s cat_003，Kodkod_003))，(安第斯山脉cat_1，(Margay_022，Kodkod_003))，(Bobcat_004，(加拿大)，(欧亚lynx_3，伊比利亚lynx_2))，(大理石cat_005，(海湾cat_2，亚洲金色cat_8)，((cat_2，亚洲金cat_8)，((丛林cat_20，(黑脚cat_0006，沙cat_8，(欧洲野生cat_007，国内的cat_4804)，(非洲野生cat_0004，中国沙漠cat_5)，(Pallas cat_65，(锈斑)，(光头cat_6，(捕捞cat_02A，亚洲豹cat_054))，(Cheetah_234，(Jaguarundi_5，Puma_28)；

Answer 1

您的newick树有单个节点，read.tree无法处理这些节点。安装phytools库并使用read.newick函数。

请注意，您可能需要使用collapse.singles()折叠单例节点来执行任何分析。

library(phytools)
tree = read.newick("phylogeny.txt")
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