安装软件包时checkCompilerOptions错误(littler/Docker)

Question

在最后一行中，这 Docker文件调用littler::install.r来安装Rcpp RcppEigen和matrixStats。

几个月前，整个代码就像一种魅力。现在，它在最后一步爆炸。更确切地说，Rcpp和RcppEigen仍然安装得很完美，但是当涉及到安装matrixStats时，我得到：

installing to /usr/local/lib/R/site-library/matrixStats/libs
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
Error in get(name, envir = asNamespace(pkg), inherits = FALSE) : 
  object 'checkCompilerOptions' not found
Calls: ::: -> get
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/matrixStats’

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages(f, lib, if (isMatchingFile(f)) NULL else repos) :
  installation of package ‘matrixStats’ had non-zero exit status

这是我以前从未犯过的错误，而且很难找到它的来历。是什么导致了这个问题？任何信息都会有很大帮助。

Answer 1

从我的头顶，我会归咎于matrixStats的变化，但如下所示，它似乎无可指责-我有点熟悉所有其他移动的部分，不知道变化或错误。

不过，有一件事是可疑的，那就是尾随线的断裂：

RUN install.r Rcpp RcppEigen  matrixStats \

你可以试着不吃它。

编辑:为了它的价值，我刚刚启动了我们的标准底层码头形象R基通过

docker run --rm -ti r-base /bin/bash

并被援引

install.r Rcpp RcppEigen matrixStats

执行得很好。

因此，如果另一个Docker容器有问题，您可能必须与它的作者一起处理它，并通过他对我们的Dockerfile的更改，他似乎已经使用了一个基础。

Answer 2

然而，R-发展使用摇滚/r-发展，

docker run --rm -ti rocker/r-devel /bin/bash

RD

install.packages("matrixStats")

给出同样的错误。我猜这是另一个R-发展变化，它带走了我们以前认为理所当然的东西，在本例中是与compiler包有关的东西。不过，我还没有找到解决办法。仅仅(重新)安装或附加compiler是没有帮助的。

更新

使用R CMD INSTALL --no-byte-compile允许backports为我安装，这是我遇到问题的包。