多参数nlme模型的疏导

Question

免责声明：

• 首先，我尝试为一个可重复的例子创建一个模拟数据集，但是每当我创建一个随机集或获取一部分真实数据时，模型就不会收敛。没有真实的数据，我看不出为一个可复制的例子提供必要的材料的方法。如果有必要，如果有人愿意帮忙，我可以贴出真实的数据。
• 我认为这篇文章是针对一个类似的想法，但评论没有解释如何进行‘黑客’这一特定的编码挑战。

Adding covariates to nlme model in R

• 我知道与数据挖掘有关的问题/辩论/文献，但无论如何我都想弄清楚这一点。

概述：

用解释变量(自变量)从多个位点模拟无柄物种(因变量)的覆盖率。

在其他人的帮助下，我使用R中的nlme包创建了以下logistic增长模型，它依赖于四个模型参数。天仅仅是进行测量的日子。MaxPop =每个给定站点的最大人口(覆盖率百分比在0-100%之间)。Days50 =时间，以天为单位，占MaxPop的50 %。希尔=通过拐点控制生长和坡度的滞后。每个MaxPop、Days50和Hill都由独立的非生物变量、温度、水加速度、盐度和pH (必要时集中)组成。

Global_Model <- nlme(PercentCover ~ I(100 *((inv.logit(exp(MaxPop) *Days^Hill/(exp(Days50)^Hill + Days^Hill))-0.5)*2)),
                 data = Data15,
                 fixed = list(MaxPop ~ I(Temp-14) + Accel + I(Sal-30) + I(pH-8), LogDays50 ~ I(Temp-14) + Accel + I(Sal-30) +I(pH-8), Hill ~ I(Temp-14) + Accel + I(Sal-30) + I(pH-8)),
                 random = MaxPop ~1|Site,
                 start = c(11, -1, -1925,  1.6, 0, 7.4, -0.2, -776, 0.6, 0,  3.9, -.004, 2009, -0.3, 0), control = nlmeControl(maxIter=100), verbose = T)

我从一组预定义的理论模型开始，但我继续发展了一个全局模型，因为所有的非生物变量都是预先选定的，而且都有一个包含在模型中的理论理由。希望这将减少过度适应全球模式的风险。

对于MuMIn包，我尝试使用dredge(Global_Model)运行全局模型中的所有嵌套模型，但得到"Error (X[i]，.)：下标超出界限“

我不知道如何尝试这一点，因为每个模型参数(MaxPop、Day50和Hill)都由相同的四个自变量组成。我想运行一个疏浚，测试每一个IVs内部和内部参数的排列。

问题：

是否有可能在nlme中执行“类似疏浚”的过程？

一个人会怎么做？

______

我非常希望得到一些建议。

干杯!

Answer 1

您需要围绕nlme编写一个“包装器”函数，该函数将线性公式(如y ~ x1 + x2 + x3)映射到三个nlme组件：fixed和random (我假设您希望为所有人保留相同的model )，然后将其提供给dredge。这是可行的，但很棘手。