在某些情况下,在Strange error with Dredge: MuMIn包中使用MuMIn ()或pdredge()时,会出现一个类似于这个MuMIn的奇怪错误。
Error in while ((iComb <- iComb + 1L) < ncomb) { :
missing value where TRUE/FALSE needed
In addition: Warning message:
In iComb + 1L : NAs produced by integer overflow 当全局模型包含31个不同的项(环境的主效应、5个基因的主效应、5个基因-环境的交互作用、10个基因-基因的相互作用和10个基因-基因-环境的相互作用)时,就会出现这种错误。31是dredge()允许的最大术语数。
该错误在大约30小时后终止了该过程,这可能已经接近完成。当全球效应降低到15项(5个基因的主效应,10个基因-基因相互作用)时,没有误差。我的数据集没有任何丢失的数据。
有人知道这个错误意味着什么或如何解决吗?
这是我的剧本:
# Full model has 31 terms
Full <- lm(DTH ~ Environment + PpdD1 + PpdB1 + PpdA1 + RhtB1 + RhtD1 +
PpdD1:PpdB1 + PpdD1:PpdA1 + PpdD1:RhtB1 + PpdD1:RhtD1 + PpdB1:PpdA1 +
PpdB1:RhtB1 + PpdB1:RhtD1 + PpdA1:RhtB1 + PpdA1:RhtD1 + RhtB1:RhtD1 +
PpdD1*PpdB1*Environment + PpdD1*PpdA1*Environment + PpdD1*RhtB1*Environment +
PpdD1*RhtD1*Environment + PpdB1*PpdA1*Environment + PpdB1*RhtB1*Environment +
PpdB1*RhtD1*Environment + PpdA1*RhtB1*Environment + PpdA1*RhtD1*Environment +
RhtB1*RhtD1*Environment, data=data)
# Model selection using MuMIN package
options(na.action = "na.fail")
AllModels <- dredge(Full, rank="AIC") # Not run in parallel
AllModels发布于 2016-01-21 23:50:24
dredge使用整数位来指定变量的组合。结果是,R的整数被限制为2^31 - 1,因此,只有在最后一轮中,只有31个变量发生了错误。现在,我已经改变了允许的限制,在目前的版本(在R-锻造)。在某些时候,我将寻找一个允许更多变量的解决方案,但现在这并不是一个优先事项。
https://stackoverflow.com/questions/34891494
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