如果给出基因组间隔的分数值，我如何才能得到p值？

Question

我在想这件事。如果基因组区间分数的表达式为: gr$score =log10(gr$p-值)，则p-值为: gr$p-value = 10^ -10/ gr$score。对我来说，以这种方式得到p值的表达式并不优雅。这是在R中转换p值的正确的形式表达式吗？

expression 1: gr$score = -10*log10(gr$pvalue)
             OR
             gr$score = -1* log10(gr$pvalue)

expression 2: gr$pvalue = 10^ -10/ gr$score

如何规范给定表达式1的pvalue？谢谢大家

Answer 1

让我们首先生成这个可重复的数据：

gr <- GRanges(
  seqnames=Rle(c("chr1", "chr2", "chr3", "chr4"), c(5, 6, 4, 3)),
  ranges=IRanges(seq(1, by=9, len=18), seq(6, by=9, len=18)),
  rangeName=letters[seq(1:18)], score=sample(1:25, 18, replace = FALSE))

然后pvalue：

pvalueBase <- c(1,10,100)
p.value <- 10^(score(gr)/(- pvalueBase))