如何将"cnv.print“命令从”cnv“包转换为对象？

Question

这个命令：

cnv.print(data)

在cnv包中准确地打印我需要的并且具有此功能的表：

cnv.print <- function(cnv, file="")
{
    cat('cnv', 'chromosome', 'start', 'end', 'size', 'log2', 'p.value', sep="\t", file=file,fill=TRUE, append=TRUE)
    for(i in seq(max(min(cnv$cnv),1), max(cnv$cnv)))
    {
        sub <- subset(cnv, cnv==i)
        start <- ceiling(mean(c(min(sub$start), min(sub$position))))
        end <- floor(mean(c(max(sub$end), max(sub$position))))
        cat(paste('CNVR_',i,sep=''), paste('chr', unique(sub$chromosome), sep=''), start, end, end-start+1, unique(sub$cnv.log2), unique(sub$cnv.p.value), sep="\t", file=file, fill=TRUE, append=TRUE)
    }
}

这是印刷品的头版：

> cnv<- as.data.table (cnv.print(data))
cnv     chromosome      start   end     size    log2    p.value
CNVR_1  chrchr14        192633  200377  7745    3.08669 2.852405e-295
CNVR_2  chrchr14        1665929 1673673 7745    1.953198        4.948368e-197
CNVR_3  chrchr14        2587465 2595209 7745    1.10941 1.772911e-89
CNVR_4  chrchr14        5177833 5185577 7745    Inf     NA
CNVR_5  chrchr14        8143785 8151529 7745    0.8412138       3.239654e-56
CNVR_6  chrchr14        9779705 9787449 7745    2.501727        2.677463e-252
...

问题是，我无法将此“打印”转换为要导出为最终电子表格的对象。我试过这个：

cnv<- cnv.print(data)
library(data.table)    
cnv<- as.data.table (cnv.print(data))

这些命令只再次打印表，cnv对象描述如下：

Null data.table (0 rows and 0 cols)

Answer 1

实际上，cnv.print可以直接打印到文件。

cnv.print(data, file="mydata.txt")
# the output of cnv.print to the file mydata.txt is well formatted
# if you want to further process this file in R, you can read it into R

data <- fread("mydata.txt", header=T, sep="\t")

Answer 2

谢谢你，帕斯卡，是的，用“水槽”我能解决这个问题。

sink("mydata.txt", append=T, split=T)
sink(cnv.print(data))
data <- fread("mydata.txt", header=T, sep="\t")

问题是，我不得不手动纠正"mydata.txt“的一些行(3行)，有时第七列会跳到新行。如果有人为这个文件找到了解决方案，我会很感激你不会破坏这些列。