在NetLogo打开时释放NetLogo创建的文件

Question

最后，我希望使用RNetLogo将一个NetLogo网络传递给R，这样R就可以使用包或influenceR进行一些网络分析，然后将结果传回给NetLogo。我目前正在分别运行NetLogo和R，以便在将R代码放入RNetLogo所需的格式之前确保其工作正常。

我正在创建NetLogo中的网络，并将其传递给igraph，但是iGraph对于图形格式却是情绪化的。最好的传输格式似乎是gml，但是用于保存gml的NetLogo网络扩展并不能满足igraph的要求。

我编写了一个简单的gml导出。看上去：

to export-simple-gml
  carefully [ file-delete "temp.gml" ] [ ]
  file-open "temp.gml"
  file-print "graph" file-print "["
  file-print "  directed 0"
  ask turtles
  [ file-print "  node" file-print "  ["
    file-type "    id " file-print who
    file-print "  ]"
  ]
  ask links
  [ let source one-of both-ends
    let target [other-end] of source
    file-print "  edge" file-print "  ["
    file-type "    source " file-print [who] of source
    file-type "    target " file-print [who] of target
    file-print "  ]"
  ]
  file-print "]"
  file-close
end

R导入代码非常简单：

library(igraph)
gg <- read_graph(file = "temp.gml", format = "gml")

如果我在运行NetLogo函数时关闭了R，然后关闭NetLogo并打开R以导入，则所有这些都可以工作。但是，如果在之前测试导入后有R打开，它就会失败。如果没有关闭NetLogo，则导入失败。如果在从NetLogo导出时打开了R，则会追加导出文本，而不是替换文件。

有没有从NetLogo中强制释放该文件的方法？或者，是否有来自R的任何方式来覆盖NetLogo (关闭但未释放)文件的控制？

Answer 1

我试着重复这个问题，但失败了。我在用

• NetLogo 5.3 (Mac )
• R 3.2.3
• IGraph1.0.1

我还试着用R的read.csv来写和读CSV。我无法复制你所描述的问题。你有可能在这个程序之外的任何地方打开这个文件吗？您对上述任何一个版本有何不同之处？

我注意到的一件事是，当文件原语错误时，文件将被打开，这会导致上面的过程写入无效的gml文件。我建议在函数顶部调用file-close或file-close-all，就像使用file-delete一样。