具有CRAN和生物导体依赖关系的R包

Question

我在本地git服务器上存储了一个R包。这个包有一系列依赖-来自CRAN和生物导体的包。使用devtools包，我可以直接从git安装：

library(devtools)
install_git("http://mygitserver.com/username/reponame")

我注意到，此安装过程未能安装所有的生物导体依赖项，但所有CRAN依赖项都已正确安装。

如何设置包的依赖项(在DESCRIPTION文件中)，以便正确安装所有的生物导体包依赖项。我注意到，当包托管在生物导体镜像上并通过biocLite()安装时，这并不是一个问题，这意味着也许我可以通过列出一组镜像来解决这个问题，以便install.packages()在声明无法找到包之前进行搜索。有办法自动获取所有这些依赖项吗？

Answer 1

简单回答：setRepositories(ind=1:2)

tl;dr

setRepositories的文档告诉我们，“已知存储库的默认列表存储在‘R_Home/etc/存储库’”文件中。我们可以通过几种方法跟踪这一点，但为了方便起见，让我们将存储库表读入R(这将切断该文件中所有注释的文档，但如果您感兴趣，可以使用readLines将其提取出来。

read.table(file.path(R.home(), "etc", "repositories"), sep = "\t")

                             menu_name                                 URL default source win.binary mac.binary
CRAN                              CRAN                              @CRAN@    TRUE   TRUE       TRUE       TRUE
BioCsoft                 BioC software                %bm/packages/%v/bioc   FALSE   TRUE       TRUE       TRUE
BioCann                BioC annotation     %bm/packages/%v/data/annotation   FALSE   TRUE       TRUE       TRUE
BioCexp                BioC experiment     %bm/packages/%v/data/experiment   FALSE   TRUE       TRUE       TRUE
BioCextra                   BioC extra               %bm/packages/%v/extra   FALSE   TRUE       TRUE       TRUE
CRANextra                CRAN (extras)  http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin   FALSE   TRUE       TRUE       TRUE
Omegahat                      Omegahat           http://www.omegahat.org/R   FALSE   TRUE      FALSE      FALSE
R-Forge                        R-Forge        http://R-Forge.R-project.org   FALSE   TRUE       TRUE       TRUE
rforge.net                  rforge.net               http://www.rforge.net   FALSE   TRUE       TRUE       TRUE
CRANextra[https]  CRAN (extras, https) https://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin   FALSE   TRUE       TRUE       TRUE
R-Forge[https]         R-Forge [https]       https://R-Forge.R-project.org   FALSE   TRUE       TRUE       TRUE
rforge.net[https]   rforge.net [https]              https://www.rforge.net   FALSE   TRUE       TRUE       TRUE

假设每一行都有一个索引号。当您调用setRepositories(ind = 1:2)时，您告诉R查看第1行和第2行中的存储库。

Answer 2

github存储库的另一个解决方案是使用biocLite()

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("username/reposname")

它向devtools发送github包，并为他人发送CRAN /生化导体。

source()命令安装或更新BiocInstaller包，因此当您的BiocInstaller版本是当前版本时，有一个变化

BiocInstaller::biocLite("username/reposname")

使用devtools作为您的前端，但与正确的生物导体储存库，您的版本的R和生物导体

install_git("http://mygitserver.com/username/reponame", 
            repos=BiocInstaller::biocinstallRepos())

repos参数最终被传递给install.packages()。更具体地说，对我来说

> biocinstallRepos()
                                               BioCsoft 
           "https://bioconductor.org/packages/3.3/bioc" 
                                                BioCann 
"https://bioconductor.org/packages/3.3/data/annotation" 
                                                BioCexp 
"https://bioconductor.org/packages/3.3/data/experiment" 
                                              BioCextra 
          "https://bioconductor.org/packages/3.3/extra" 
                                                   CRAN 
                             "https://cran.rstudio.com" 

使用第二个注释包，BioCann，url。