CMakeLists无法找到新安装的HDF5？

Question

我正在做一个在另一台电脑(第一台)上工作的程序，并试图让它在我的新电脑(第三台)上工作。当我转到build并键入ccmake ..时，会得到以下错误：

CMake Error at build/share/cmake/hdf5/hdf5-targets.cmake:67 (message):
   The imported target "hdf5" references the file


 "/home/myname/Desktop/MyProject/build/lib/libhdf5.a"

   but this file does not exist.  Possible reasons include:

   * The file was deleted, renamed, or moved to another location.

   * An install or uninstall procedure did not complete successfully.

   * The installation package was faulty and contained


 "/home/myname/Desktop/MyProject/build/share/cmake/hdf5/h
df5-targets.cmake"

   but not all the files it references.

 Call Stack (most recent call first):
   build/share/cmake/hdf5/hdf5-config.cmake:70 (INCLUDE)
   build/share/cmake/hdf5/FindHDF5.cmake:85 (INCLUDE)
   src/Thing/CMakeLists.txt:66 (find_package)

甚至当我使用sudo apt-get安装hdf5时，也会出现同样的错误。

我不得不删除这个lib目录，因为它包含了过时的boost文件，并导致了大量错误，这可能是因为我在这台新计算机上新安装了usr/lib和usr/include中的boost文件，可能是因为冲突。我只需删除lib目录，就可以在第二台计算机上运行这个程序。

解决这个问题的方法是更改CMakeLists.txt，以便它引用新安装的hdf5的目录吗？CMakeLists.txt看起来像：

CMAKE_MINIMUM_REQUIRED (VERSION 2.6)
PROJECT (Projectname)


# CMake Modules
SET(CMAKE_MODULE_PATH
  ${PROJECT_BINARY_DIR}/share/cmake/hdf5
  ${CMAKE_SOURCE_DIR}/CMake
  ${CMAKE_MODULE_PATH})

SET(ENV{HDF5_ROOT_DIR_HINT} ${PROJECT_BINARY_DIR})

# Build output 
set(LIBRARY_OUTPUT_PATH "${CMAKE_BINARY_DIR}/lib")
set(EXECUTABLE_OUTPUT_PATH "${CMAKE_BINARY_DIR}/bin")
mark_as_advanced(LIBRARY_OUTPUT_PATH EXECUTABLE_OUTPUT_PATH)


#other stuff I excluded to keep this brief

此外，即使我删除了lib目录中除libhdf5.a之外的所有文件，我也会得到一大堆boost错误。这是一个非常长的输出，我认为这是因为make在lib中创建了来自home/myname/Desktop/MyProject/build/lib的新的boost文件，而不是引用usr/lib和usr/include中新安装的boost文件。

如果有帮助，src/Thing/CMakeLists.txt的第66行看起来像find_package(HDF5 COMPONENTS C CXX)

如果有必要，我还可以发布hdf5-config.cmake和FindHDF5.cmake的内容。

编辑：dpkg -l | greap hdf5给出

ii  hdf5-helpers                                  1.8.15-patch1+docs-4                       amd64        Hierarchical Data Format 5 (HDF5) - Helper tools
ii  hdf5-tools                                    1.8.15-patch1+docs-4                       amd64        Hierarchical Data Format 5 (HDF5) - Runtime tools
ii  libhdf5-10:amd64                              1.8.15-patch1+docs-4                       amd64        Hierarchical Data Format 5 (HDF5) - runtime files - serial version
ii  libhdf5-cpp-10:amd64                          1.8.15-patch1+docs-4                       amd64        Hierarchical Data Format 5 (HDF5) - C++ libraries
ii  libhdf5-dev                                   1.8.15-patch1+docs-4                       amd64        Hierarchical Data Format 5 (HDF5) - development files - serial version
ii  libhdf5-openmpi-10:amd64                      1.8.15-patch1+docs-4                       amd64        Hierarchical Data Format 5 (HDF5) - runtime files - OpenMPI version
ii  libhdf5-openmpi-dev                           1.8.15-patch1+docs-4                       amd64        Hierarchical Data Format 5 (HDF5) - development files - OpenMPI version
ii  libhdf5-serial-dev                            1.8.15-patch1+docs-4                       all          transitional dummy package

Answer 1

关于Linux上第三方库链接的介绍就不那么简单了：

一般来说，你应该决定两个方面。

第一个是关于“系统与自定义库”。

1. 您可以将应用程序链接到从系统包中安装的库(在Debian中使用apt-get)。这是在Linux上编译程序的首选方法，除非您有一些反对的理由(见下文)。而且通常这是最简单的方法，因为所有的构建工具都被配置成在某些“知名”的地方找到库组件。
2. 链接到库的自定义构建。如果您需要一些库的自定义构建选项，或者需要库中不可用的特定版本的库，请使用此方法。

第二步是在静态库和动态库之间进行选择。

1. 通常，在Linux中，应用程序是通过动态加载库(.so)链接的。这样可以减少应用程序的大小，减少内存消耗和应用程序加载时间(因为给定应用程序的库已经在内存中)，有时还简化了诸如安全性修复之类的小更新--只需要更新一个库，而不是所有使用此易受攻击库的应用程序。
2. 但是也有缺点:)如果计划将与动态库链接的应用程序分发到其他计算机，则需要确保所需版本的库位于给定的目标计算机上。每个图书馆也可以与其他图书馆连接，等等。最后，您必须分发一个操作系统的整个副本，就像所做的那样:在内部它承载了很大一部分Ubuntu。因此，有时可能更明智的做法是链接到静态库，并将所需的所有内容都包含到应用程序中。

回到实际问题上。既然您已经安装了带有libhdf5开发文件(libhdf5-dev)的系统包，我建议您使用“系统库”(p1.1)。

在这种情况下，您应该从构建树中完全删除库的所有其他副本，并在CMakeLists.txt中使用以下代码块：

find_package(HDF5 REQUIRED)
...
include_directories(${HDF5_INCLUDE_DIRS})
...
target_link_libraries(yourapp ${HDF5_LIBRARIES} <other required libs>)

如果您的应用程序是C++应用程序，您可以使用${HDF5_CXX_LIBRARIES}而不是${HDF5_LIBRARIES}。

如果您决定链接到静态库，则需要在调用find_package(HDF5...)之前定义一个特殊变量HDF5_USE_STATIC_LIBRARIES。

 set(HDF5_USE_STATIC_LIBRARIES ON)
 find_package(HDF5 REQUIRED)
 ...

如果您仍然希望使用库的自定义构建，那么应该向find_package“解释”在哪里查找库组件。您可以在make DESTDIR=/some/path install构建树中运行HDF5，然后在应用程序生成树中运行cmake时使用该/some/path作为HDF5_ROOT环境变量的值：

  HDF5_ROOT=/some/path cmake .

在本例中，CMake将尝试在该目录中定位HDF5组件。在此操作之前，我将删除sytem包libhdf5-dev (以防万一)使用apt-get remove libhdf5-dev。

但是，我再次认为，您应该有充分的理由不使用系统libhdf5包。