如何防止RMySQL警告“导入为数字的无符号整数”？

Question

从MySQL表加载数据时，通常会出现以下警告：

unrecognized MySQL field type 7 in column 26 imported as character

Unsigned INTEGER in col 3 imported as numeric

如何正确地将数据库表加载到dataframe中，以便不显示这些警告？

我看到函数RMySQL::dbDataType()可以“确定S对象的SQL”。有没有办法告诉它哪种MySQL数据类型匹配数据帧中的哪种向量类型？

Answer 1

您没有做错任何事情--RMySQL“有益”地给出了所有这些警告，以防万一这不是您想要的(几乎总是如此)。@hadley建议安装开发版本(0.11.x)，据报道该版本解决了这一问题。否则，可以使用suppressWarnings(...)，其中...是要隐藏警告的语句。或者接受它直到0.11版点击CRAN。

Answer 2

从RMySQL切换到RMariaDB也会删除警告，参见https://github.com/r-dbi/RMySQL/issues/37。

Answer 3

最好的选择可能是RMariaDB，但是如果您坚持使用RMySQL，可以忽略下面的函数(adapted from this answer)中的特定警告。

#' Suppress warnings matching regex
#'
#' @param expr Expression to evaluate
#' @param regex Regex pattern passed to grepl
#' @param ... Additional arguments passed to grepl
#'
#' @export
suppress_warnings_matching <- function(expr, pattern, ...) {
  eval.parent(substitute(
    withCallingHandlers(expr, warning = function(w) {
      msg <- conditionMessage(w)
      if (grepl(pattern, msg, ...)) {
        invokeRestart("muffleWarning")
      }
    })
  ))
}

我主要使用dbplyr与我的DB交互，这意味着当我在控制台中交互地执行collect或print时，查询实际上会被执行。如果使用pool，则在调用tbl时也会出现警告，因为由于某种原因，tbl.Pool中有字段查找。

以下内容应该有效，但并不完美。

# Override dplyr's collect with a more silent version
collect <- function(...) {
  annoying_mysql_warning <- "Unsigned INTEGER in col [0-9]+ imported as numeric"
  suppress_warnings_matching(dplyr::collect(...), annoying_mysql_warning)
}

# Override base print with a more silent version
print <- function(...) {
  annoying_mysql_warning <- "Unsigned INTEGER in col [0-9]+ imported as numeric"
  suppress_warnings_matching(base::print(...), annoying_mysql_warning)
}

它在Rstudio控制台中打印时不起作用，而且我也不特别喜欢覆盖泛型函数。

在收集、交互式使用/打印以及有时在分配(当使用pool时)的警告中，一种更有效的方法是以下方法，这在我的所有用例中都有效：

# Suppress the warning on collect
.S3method("collect", "tbl_sql", function(...) {
  annoying_mysql_warning <- "Unsigned INTEGER in col [0-9]+ imported as numeric"
  suppress_warnings_matching(dbplyr:::collect.tbl_sql(...), annoying_mysql_warning)
})

# Suppress the warning on print (e.g. interactive use)
.S3method("print", "tbl_sql", function(...) {
  annoying_mysql_warning <- "Unsigned INTEGER in col [0-9]+ imported as numeric"
  suppress_warnings_matching(dbplyr:::print.tbl_sql(...), annoying_mysql_warning)
})

# Suppress the warning on `tbl`
.S3method("tbl", "DBIConnection", function(...) {
  annoying_mysql_warning <- "Unsigned INTEGER in col [0-9]+ imported as numeric"
  suppress_warnings_matching(dplyr:::tbl.DBIConnection(...), annoying_mysql_warning)
})

# Suppress the warning on `tbl` for pools
.S3method("tbl", "Pool", function(...) {
  annoying_mysql_warning <- "Unsigned INTEGER in col [0-9]+ imported as numeric"
  suppress_warnings_matching(pool:::tbl.Pool(...), annoying_mysql_warning)
})
})

这个很好用！这并不理想，因为我们必须使用内部包函数(使用三冒号:::)，但这对我来说是值得的！

避免在prod中使用这一点，但是，如果您这样做了，请确保您的dbplyr版本是冻结的，以避免坏的惊喜。