为什么R会为相同的函数报告名称空间冲突？

Question

我试图在R中的包之间创建名称空间冲突列表，但是conflicts()函数有一些奇怪的行为，例如shiny和htmltools包中的函数p ( shiny导入的)：

> require(shiny)
> ## print source from shiny namespace...
> shiny::p
function (...) 
tags$p(...)
<environment: namespace:htmltools>
> require(htmltools)
> ## print source from htmltools namespace...
> htmltools::p
function (...) 
tags$p(...)
<environment: namespace:htmltools>

因此，p的源代码是完全相同的，甚至来自这两个包的同一个名称空间(帮助文件也是相同的)，但是如果您运行conflicts(detail = TRUE)，这个函数将被列为两个包之间的冲突。为什么这被列为冲突，是否有办法检测这种类型的“冲突”？这与您可以直接从shiny或htmltools命名空间调用函数这一事实有关吗？

Answer 1

函数conflicts只是检查搜索路径中包含在多个包中的名称。它不检查由这些名称表示的实际对象是否相同。

您可以使用objects() (也在conflicts()中使用)或ls()查看包名称空间中的对象的名称。例如：

head(objects("package:shiny"), 10)
 ## [1] "a"                "absolutePanel"    "actionButton"     "actionLink"       "addResourcePath" 
 ## [6] "animationOptions" "as.shiny.appobj"  "basicPage"        "bootstrapPage"    "br"

如果你跑

which(objects("package:shiny") == "p")
which(objects("package:htmltools") == "p")

您将看到shiny和htmltools的命名空间都包含一个名为p的对象。conflicts只需检查search()中多个名称空间中出现的所有名称，如果附加了shiny和htmltools，p就是其中之一。

要了解为什么shiny包含htmltools名称空间中的函数，可以查看shiny源中的NAMESPACE文件。它包含以下几行

export(p)
import(htmltools)

export使一个函数对使用包的人可见。因此，在您使用library()附加了一个包之后，您可以调用导出的函数。import(htmltools)确保htmltools中的所有导出函数都可以由shiny中的函数使用。但是，它并没有使htmltools的函数对运行library(shiny)的人可用。

因为shiny从htmltools (包括p())导入所有函数，然后导出p()，所以p() (从htmltools)在library(shiny)之后是可见的。

您可以使用identical()检查两个冲突的对象是否实际上是相同的。这将显示shiny和htmltools中的函数htmltools是相同的：

library(shiny)
library(htmltools)
identical(htmltools::p, shiny::p)
## [1] TRUE

另一方面，dplyr定义了一个不同于stats中的函数filter()

library(dplyr)
identical(dplyr::filter, stats::filter)
## [1] FALSE

最后，让我提出一种检查方法，一些冲突(即出现在几个附加包中的名称)是否是“真正的”冲突。所谓“真实的”，我的意思是共享名称的对象是不一样的。因此，在上面的例子中，filter()将是一个“真实的”冲突，而"p“则不是。以下函数返回“真实”冲突的TRUE，否则返回false：

is_real_conflict <- function(conf_obj) {

  # get list of all conflicts
  conf_all <- conflicts(detail = TRUE)
  # get names of packages that contain an object with name conf_obj
  conf_pck <- names(conf_all)[sapply(conf_all, function(pck) conf_obj %in% pck)]
  # get the actual objects associated with these names
  objs <- lapply(conf_pck, function(ns) get(conf_obj, envir = as.environment(ns)))
  # compare each of the objects to the first one
  comp <- sapply(objs, identical, objs[[1]])
  # the following returns FALSE only if all the objects are the same
  return (!all(comp))
}

您可以一次检查所有相互冲突的名称。

sapply(conflicts(), is_real_conflict)