`cv.glmnet`工作在RStudio，而不是RScript

Question

以下命令在RStudio中运行良好，但在RScript中却不起作用：

require(glmnet)
calibdata = read.csv("calibrationfile.csv")

xs = model.matrix(as.formula("targetvar~predictor1+predictor2)),calibdata)[,-1] # -1 discards intercept constant, glmnet has its own
ys = as.numeric(unlist(calibdata["targetvar"]))
fit=cv.glmnet(xs,ys)

来自RScript的错误消息：

Error in is(x, "CsparseMatrix") : could not find function "new"
Calls: cv.glmnet -> glmnet -> elnet -> getcoef -> drop0 -> is
Execution halted

在这两种情况下r版本为3.2.3，glmnet版本为2.0-2。

我怎样才能让glmnet在RScript工作？

Answer 1

RScript具有不为您加载(基本包)方法的“可爱”特性。

所以你所需要的就是额外的

  require(methods)

或

  suppressMessages(library(methods))

至于它的价值，利特勒命令行和脚本前端的R杰夫霍纳和我写的默认加载方法为您.

Answer 2

我遇到了同样的问题，并找到了两个可能的解决办法(只是为了补充@德克Eddelbuettel的答案)：

嗯，我在某个地方读到了--default-packages=methods,utils需要传递给Rscript来解决这个问题：https://github.com/stan-dev/rstan/issues/190

或,

而且，Rscript似乎缺少了methods包的负载。也可以通过在脚本开头调用library('methods')：https://github.com/dhimmel/elevcan/issues/1来解决这个问题。

希望这能有所帮助。