安装rJava

Question

我试着用前面的问题/答案来解决这个问题，但没有成功。所以，这是我的问题。

我正在使用RStudio on和Ubuntu (14.04)，我试图从源代码中升级rJava，在此过程中我设法丢失了它。

我试着重新安装，

install.packages("rJava")

返回以下错误消息，

configure: error: One or more Java configuration variables are not set.
Make sure R is configured with full Java support (including JDK). Run
R CMD javareconf
as root to add Java support to R.

If you don't have root privileges, run
R CMD javareconf -e
to set all Java-related variables and then install rJava.

ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
* removing ‘/home/darren/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/rJava’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘rJava’ had non-zero exit status

所以，我去了终点站打字，

sudo R CMD javareconf

这也导致了以下错误，

trying to compile and link a JNI program 
detected JNI cpp flags    : 
detected JNI linker flags : -L/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server -ljvm
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Wformat-security -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c conftest.c -o conftest.o
conftest.c:1:17: fatal error: jni.h: No such file or directory
 #include <jni.h>
                 ^
compilation terminated.
make: *** [conftest.o] Error 1
Unable to compile a JNI program


JAVA_HOME        : /usr/lib/jvm/default-java
Java library path: 
JNI cpp flags    : 
JNI linker flags : 
Updating Java configuration in /usr/lib/R
Done.

我试着遵循这些链接，one和two，但它们似乎没有解决我的问题；因此有更多的链接，但我不确定应该遵循哪个链接。我还通过卸载和重新安装了RStudio，但这并没有什么不同。

还有其他人能帮忙吗？

简而言之，我希望能够再次将RStudio与rJava一起使用，而不会破坏Java的任何其他用途(如jmol)。

Answer 1

您似乎没有安装JDK。你至少需要

sudo apt-get install openjdk-7-jdk

然后再运行

sudo R CMD javareconf

确保您没有手动设置JAVA_HOME -它将被自动检测到。然后你应该看到这样的东西：

$ sudo R CMD javareconf
Java interpreter : /usr/bin/java
Java version     : 1.7.0_91
Java home path   : /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre
Java compiler    : /usr/bin/javac
Java headers gen.: /usr/bin/javah
Java archive tool: /usr/bin/jar

trying to compile and link a JNI program 
detected JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/../include
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/amd64/server -ljvm
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/../include     -fpic  -g -O2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -Wformat -Werror=format-security -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c conftest.c -o conftest.o
gcc -std=gnu99 -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o conftest.so conftest.o -L/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server -ljvm -L/usr/lib/R/lib -lR


JAVA_HOME        : /usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/jre
Java library path: $(JAVA_HOME)/lib/amd64/server
JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/../include
JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/amd64/server -ljvm

Answer 2

sudo apt-get install r-cran-rjava有什么问题？

请参阅for example this earlier answer及其周围的问题/线程。

对于从头开始的安装，您可能仍然比从sudo apt-get build-dep r-cran-rjava开始要糟糕得多。它将为您提供与您的Ubuntu版本相应的JDK。

Answer 3

首先，我建议从其网站https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/ (即RStudio64bit：https://download1.rstudio.org/rstudio-0.99.489-amd64.deb)安装Rstudio。这并不能直接解决问题，但它有助于避免Rstudio中的其他错误。

关于这个错误，请确保您已经安装了JDK。我认为命令java -version无法判断是否安装了JDK。您必须检查JDK本身的包，或者根据错误消息执行以下操作：

locate jni.h输出应该与JAVAHOME匹配或兼容，例如：

/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-amd64/include/jni.h 
/usr/lib/jvm/java-7-oracle/include/jni.h        

更新1: R CMD javareconf正在查找安装了JDK的$(JAVA_HOME)/include下的jni.h文件，但很有可能是默认的java位于JRE目录下，这是发生错误的原因。

通过执行以下命令，您可以看到default-java真正指向的位置：

jRealDir=$(readlink -f /usr/lib/jvm/default-java)
echo $jRealDir
# sample correct output: /usr/lib/jvm/jdk1.8.0_65 
# or /usr/lib/jvm/java-8-oracle if you default to Oracle's
# now check jni.h
ls -l $jRealDir/include/jni.h
# sample expected output:
# /usr/lib/jvm/jdk1.8.0_65/include/jni.h

如果ls命令失败，则必须进行设置，以便javareconf (以及稍后的rJava)可以使用JDK而不是JRE中的java。你有两个选择：

方法1:在系统范围内执行

这是方便的，但可能会影响其他程序，如您刚才提到的jmol。但别担心，这是可逆性的，只需重新运行命令并选择旧的命令。执行以下命令并选择具有JDK的dir：

sudo update-alternatives --config java

在测试了jmol的工作原理之后，如果它正常工作，那么恭喜你。现在您已经准备好测试rJava了。如果没有，请尝试下面的第二种方法

方法2:只对R做

将它放在主目录下的.Rprofile中

Sys.setenv(JAVA_HOME = '/usr/lib/jvm/jdk1.8.0_65')
# this set JAVA_HOME for R to correct java home dir. 

在更新或创建.Rprofile之后，请在Rstudio中重新启动R。在这种情况下，R CMD javareconf可能仍然失败，但是如果您在Rstudio的Shell菜单下运行它，那么它应该是可以的。

关于Ubuntu的股票回购的安装或Rstudio。这对rJava的运行没有什么影响。再一次，我建议为其主页安装Rstudio，因为新版本也有一些不错的功能(即更好的自动完成，我最喜欢)。