如何从clmm输出摘要中提取z值

Question

我使用clmm()函数(来自序号包)运行混合效应序数logistic回归，并需要提取RMem变量的B estimate参数。

otp <- summary(clmm(Rank ~ RMem + (1|sbj.ID), data = brands))

> otp
Cumulative Link Mixed Model fitted with the Laplace approximation

formula: as.factor(Rank) ~ RMem + (1 | sbj.ID)
data:    dataset

 link  threshold nobs logLik   AIC      niter       max.grad cond.H 
 logit flexible  1921 -5433.43 10908.87 5152(10419) 1.02e-02 1.2e+03

Random effects:
 Groups Name        Variance Std.Dev.
 sbj.ID (Intercept) 0.04227  0.2056  
Number of groups:  sbj.ID 107 

Coefficients:
  Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)    
RM  -2.3087     0.1129  -20.46   <2e-16 ***
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

Threshold coefficients:
      Estimate Std. Error z value
1|2   -4.43967    0.13667 -32.485
2|3   -3.63258    0.11504 -31.576
...
19|20  2.36590    0.11028  21.454

str(otp)只返回$beta属性的一个条目(对于我感兴趣的RMem变量)

> str(otp)
...
 $ beta         : Named num -2.31
  ..- attr(*, "names")= chr "RMem"
...

unlist()函数也只显示估计值。您能告诉我如何提取z-value和p-value用于RMem变量的B estimate吗？

谢谢!

Answer 1

因此，我不能使用clmm调用完美地复制，因为这对我来说是新的，但是摘要函数看起来是返回相同类型的项，所以这应该适用于一些所需的替换：

##with the mtcars dataset

data(mtcars)
glm1<-summary(glm(mpg~cyl+disp+hp,data=mtcars))
glm1$coefficients[,'t value'] #change to z value
glm1$coefficients[,'Pr(>|t|)'] #this will return your t-values - you need to change "t" to "z"

##as a data.frame from a function##
getCoefs<-function(summaryModel){
    sumResults<-data.frame(coefs=names(summaryModel$coefficients[,'t value']),
    t=summaryModel$coefficients[,'t value'],
    prT=summaryModel$coefficients[,'Pr(>|t|)'])
    return(sumResults)
}
sumResults<-getCoefs(glm1)