利用OpenBUGS，R和包R2OpenBUGS的Dirichlet范畴共轭先验模型

Question

首先，让我们创建一些具有三个级别的样本分类数据。

y<-sample(c("A","B","C"),50,replace=TRUE)

我试图建立一个贝叶斯统计模型，其中y变量服从分类分布，参数为theta1，theta2，theta3。这些参数描述了单个彝族属于相应范畴的概率。在贝叶斯的观点中，这些参数也是随机变量，我们用超参数alpha1，alpha2，alpha3在它们之前指定一个dirichlet。

我在语法上遇到了一些问题。

码

model<-function(){
  #likelihood
  for( i in 1:N){
  y[i]~ dcat(theta[])
  }
  #prior
  theta[1:3]~ ddirch(alpha[])
}
library(R2OpenBUGS) 
model.file <- file.path(tempdir(),"model.txt") 
write.model(model, model.file)
y<-sample(c("A","B","C"),50,replace=TRUE)
N<-50
alpha<-c(1,1,1)
data<-list('y','N','alpha')
params<-c('theta')
inits<-function(){theta=c(1/3,1/3,1/3)}

我们通过R调用OpenBUGS，带有bug函数

out<-bugs(data,inits,params,model.file,n.chains = 2
          ,n.iter=6000,codaPkg = TRUE,n.burnin = 1000,DIC = TRUE)

我尝试了不同的方法来构造上面的代码，遍历错误并熟悉log.txt文件(也就是保持OpenBUGS输出的文件)，直到这段代码给了我一个没有错误的log.txt，而R仍然有问题。

R输出

  Error in bugs.run(n.burnin, OpenBUGS.pgm, debug = debug, WINE = WINE,  : 
  Look at the log file in  /tmp/Rtmpofdk0t  and
try again with 'debug=TRUE' to figure out what went wrong within OpenBUGS.
In addition: Warning message:
In FUN(X[[i]], ...) : class of 'x' was discarded

log.txt

OpenBUGS version 3.2.3 rev 1012
model is syntactically correct
data loaded
model compiled
initial values generated, model initialized
1000 updates took 0 s
monitor set
monitor set
monitor set
monitor set
deviance set

提前感谢您的帮助

Answer 1

经过大量的实验，我发现由于某种原因，OpenBUGS不能接受通常给出的因子变量。因此，我用as.numeric R函数将我的数据(格式"A“、"B”、"C")更改为数字(格式1、2、3)，一切运行都很顺利！

Answer 2

我认为你应该把theta1，theta2，theta3重新命名为alpha1，alpha2，alpha3，因为你使用alpha1，.在函数ddirch中，但您从不声明它们。相反，您可以声明theta1等等，但永远不要使用它们。

如果有其他问题，您可以查看日志文件，就像编译器建议的那样。