R如何使用pairwise.t.test值

Question

我使用pairwise.t.test命令，我有以下变量：

bestID = 28

> ptt <- pairwise.t.test(aovFrame$partAvg,aovFrame$id,p.adjust="bonf", conf.level = 0.95)
> ptt

    Pairwise comparisons using t tests with pooled SD 

data:  aovFrame$partAvg and aovFrame$id 

   12     13     15     24     28     29    
13 <2e-16 -      -      -      -      -     
15 <2e-16 <2e-16 -      -      -      -     
24 <2e-16 <2e-16 <2e-16 -      -      -     
28 <2e-16 <2e-16 <2e-16 <2e-16 -      -     
29 <2e-16 2e-16  <2e-16 <2e-16 <2e-16 -     
30 <2e-16 <2e-16 1      <2e-16 <2e-16 <2e-16

P value adjustment method: bonferroni 

使用bestID表示要与所有其他id比较的id(作为索引)，并提取其p值。如果两个id之间的p值都< 0.05，那么我希望将该id(而不是28)添加到列表中。

您可以在代码中看到，28的所有对(按列和按行)都不类似于28。

问题是我不知道如何按索引访问paired.t.test字段

使用str(ptt)将输出以下内容：

List of 4
 $ method         : chr "t tests with pooled SD"
 $ data.name      : chr "aovFrame$partAvg and aovFrame$id"
 $ p.value        : num [1:6, 1:6] 2.12e-20 1.11e-154 0.00 7.24e-26 1.19e-66 ...
  ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. ..$ : chr [1:6] "13" "15" "24" "28" ...
  .. ..$ : chr [1:6] "12" "13" "15" "24" ...
 $ p.adjust.method: chr "bonferroni"
 - attr(*, "class")= chr "pairwise.htest"

从这里我无法理解如何访问索引

Answer 1

要回答“我需要一种自动的方法从ptt中提取对应于bestID的p值”(请参阅OP上的注释线程)：

ptt$p.value[as.character(bestID),]