用glmnet刺刀的实例

Question

这个问题是关于函数稳定器在stabs包中的适配参数。

我需要在lasso逻辑模型上进行稳定性选择，用lars软件包进行稳定性选择有一个很好的例子。

我在这里报告了在https://github.com/hofnerb/stabs页面上可以找到的示例

library("stabs")
library("lars")
## make data set available
data("bodyfat", package = "TH.data")
## set seed
set.seed(1234)

## lasso
(stab.lasso <- stabsel(x = bodyfat[, -2], y = bodyfat[,2],
                       fitfun = lars.lasso, cutoff = 0.75,
                       PFER = 1))

## stepwise selection
(stab.stepwise <- stabsel(x = bodyfat[, -2], y = bodyfat[,2],
                          fitfun = lars.stepwise, cutoff = 0.75,
                          PFER = 1))

## plot results
par(mfrow = c(2, 1))
plot(stab.lasso, main = "Lasso")
plot(stab.stepwise, main = "Stepwise Selection")

你能提供一个类似的例子，在glmnet而不是lars上应用刺吗？

我有一个脚本，使用glmnet适合拉索物流模型。我想要保持脚本的原样，并实现最上面的稳定，我不想改变脚本使用lars，而不是gmlnet。

Answer 1

实际上，这是有文档记录的(尽管不可否认，没有给出任何例子)。唯一需要做的事情是替换fitfun (更多的函数请参见?fitfun )：

(stab.glmnet <- stabsel(x = bodyfat[, -2], y = bodyfat[,2],
                        fitfun = glmnet.lasso, cutoff = 0.75,
                        PFER = 1))
par(mfrow = c(2, 1))
plot(stab.glmnet, main = "Lasso (glmnet)")
## plot lars solution for comparison
if (exists("stab.lasso"))
    plot(stab.lasso, main = "Lasso")    

我将按要求添加一个示例，以使其更容易。