在Vegan包中使用Specpool时的错误消息

Question

我试图计算物种的丰富度和超的网站列表。然而，我一直收到这样的错误消息：

Error in if (a2 > 0) var.chao[is] <- a1 * ssc * (0.5 + ssc * (1 + aa/4) *  : missing value where TRUE/FALSE needed

我不完全确定错误信息是什么意思。当我使用“站点”类别时，当试图查找某个国家的值(例如)时，Specpool使用相同的数据集。

如果需要的话，我可以提供数据集。

有人有什么想法吗？

Answer 1

你有一些案例，每节课有一个取样单元。specpool函数基于抽样单元集合中的存在/缺席数据和物种频率的数目。只有一个地点，你只能有频率= 1，一些指数(Chao，二级杰克刀)需要双子数(=两个抽样单位中出现的物种数)。虽然不能从specpool中的单个抽样单元来估计外推丰富度，但这样的情况应该处理得很顺利。纯素的github版本现在处理这些情况，我计划下周发布纯素 2.3-3。一个抽样单位的情况现在将返回所有指数的标准误差=0的非外推观察到的物种数。

你似乎有一个或两个抽样单位的类。虽然外推法物种丰富度可以对两个抽样单元进行估计，但我不相信这样的推断:您需要更大的集合(如果仔细阅读specpool文档和其中引用的文章，您可能会发现我们对这些外推法一般不太信任)。

Answer 2

我发现问题出在哪里了。我有一个地点，我只记录了一个物种，这使得超计算是不可能的。