“KendallATS”包中带有smwrQW函数的光栅Calc

Question

这是我在StackOverflow上的第一个问题。我试图使用Mann趋势测试在一个由15层(时间序列计数)组成的栅格砖上形成三个栅格(sen斜率、τ-b值和p值)。我需要使用τ-b而不是τ-a，因为我的一些数据在很大程度上是绑定的，而用τ-a产生的输出(例如，使用来自Envstats包的函数Envstats)有时是异常的(例如，显著的空斜率)。我在R包中找到的唯一函数，也正是我所需要的函数，就是来自kendallATS.test(x,y)的包smwrQW中的美国地质调查局。问题是，我无法使这个函数与calc包中的raster函数一起工作，尽管我删除了研究区域之外的所有NA，以及所有完全由相同值组成的系列(例如c(0,0,0,0,0))。我用不同的方式对手术进行了编码，但都是徒劳。下面是我使用的一些例子：

library(raster)
library(smwrQW)

setwd("C:R/WorkingDirectory/Annual_SCD")
list <- list.files(pattern = "*.tif")
RasterStack <- stack(list)
rb <- brick(RasterStack)

# Remove NA outside study area
j <- calc(rb, function(x) {x[is.na(x)] <- -999; return(x)}) 

# MK tau-b Slope (PROBLEM)
m <- calc(j, function(x) { y <- 1:15; X <- all(x == x[1]); if (X == FALSE) {
kendallATS.test(c(x[]),y)$estimate[1] } else return(-999)}, forcefun=TRUE)

获得的错误消息：

Error in x@.Data[i, , drop = FALSE] : 
  (subscript) logical subscript too long

我研究区域内的所有单元格都包含砖中15层的数值数据。我使用c(x[])而不是x来拥有向量，因为否则，我会得到另一条错误消息，上面写着：

Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function ‘as.lcens’ for signature
 ‘"matrix", "missing", "missing"’.

as.lcens函数属于smwrQW。我已经在kendallATS.test和calc中使用了kendallATS.test，但没有改变。但是，该函数与指定的行和列完全独立工作：

kendallATS.test(c(rb[250,300]),1:15)

我在编码方面的知识是非常基础的，我希望能有任何帮助来解决这个问题。

谢谢

Answer 1

下面是一个有用的例子，也许可以作为一个起点：

library(raster)
library(smwrQW)

b <- brick(ncol=10, nrow=10, nl=15)
b <- setValues(b, matrix(runif(1200), 100, 15))
b[1:5] <- NA

y <- 1:nlayers(b)
f <- function(x) { 
    if (any(is.na(x))) {
        return(c(NA, NA, NA))
    } else if (any(x != x[1])) {
        kendallATS.test(x , y)$estimate 
    } else {
        return(c(NA, NA, NA))
    }
}

m <- calc(b, f)

注意，如果您想返回一个变量，那么如何编辑函数：

fp <- function(x) { 
    if (any(is.na(x))) {
        return(NA)
    } else if (any(x != x[1])) {
        kendallATS.test(x , y)$p.value
    } else {
        return(NA)
    }
}

n <- calc(b, fp)