Dendrogram和HistDAWass软件包

Question

我使用HistDAWass包(https://cran.r-project.org/web/packages/HistDAWass/index.html)来使用包作者部分提供的脚本执行集群。

由于Data1.csv文件不包含带有行名示例(标签)的列，因此我得到一个树状图，它将树标签标记为I1...I6。因此，我尝试使用一个新文件(Data2.csv)，它的第一列包含了标签，但我得到了一个错误。

如果有人能解释如何用新标签生成树状图，我将不胜感激。

剧本：

library(HistDAWass)
data=read.csv('D:/Data1.csv', header = FALSE)
data=t(data)
Hdata=MatH(nrows=6,ncols = 1)

for (i in 1:get.MatH.nrows(Hdata)){
  tmp=data2hist(as.vector(data[,i]))
  Hdata@M[i,1][[1]]=tmp

}

results=WH_hclust(x = Hdata,simplify = TRUE, method="complete")
plot(results) # it plots the dendrogram

数据文件(在zip中)：http://ge.tt/8yVsiQS2/v/0

Answer 1

脚本包含一种生成矩阵的方法，其中每个单元格中都有一个distributionH对象。在distributionH循环中，从原始数据( csv文件的每一行)中生成一个新的MatH (分发矩阵)。要从Data2.csv文件构建相同的代码，您应该运行以下脚本

 library(HistDAWass)
#read data
data=read.csv('Data2.csv', header = FALSE)
#initialize an empty MatH matrix using names from the firs colum of data
Hdata=MatH(nrows=nrow(data),rownames=as.list(as.character(data[,1])),ncols = 1)

#Fill the matrix
for (i in 1:get.MatH.nrows(Hdata)){
  tmp=data2hist(as.vector(t(data[i,2:ncol(data)])))
  Hdata@M[i,1][[1]]=tmp

}
#Do hierarchical clustering
results=WH_hclust(x = Hdata,simplify = TRUE, method="complete")
plot(results) # it plots the dendrogram