Pubmed eutils搜索的排序选项？

Question

我使用BioPython通过eutils API查询Pubmed数据库。esearch端点有一个排序选项，但是API文档没有列出这个值的所有选项。

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示例呼叫：

Entrez.esearch(db="pubmed", term=search_term, rettype=rettype, retmax=retmax,
               sort=sort_method)

我知道为sort_method工作的值

• “酒吧约会”
• “相关性”
• “第一作者”
• “最后一个作者”
• “头衔”
• “期刊”

但是，我不知道如何指定默认的排序顺序，这是“最近的”；实际上，这似乎是按Pubmed值排序的。“最近”、“最近”、“pmid”、“id”和“default”都给出了OutputMessage“未知排序模式.”。

还有其他人知道如何显式指定默认顺序吗？

Answer 1

不是100%确定我是否正确地回答了你的问题。如果不指定排序顺序，则将使用默认排序顺序。

handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term='TRPV1')
records = Entrez.read(handle)
print('\n'.join(records['IdList']))

将按照与PubMed网页相同的顺序提供ID。

Answer 2

是sort='relevance'。如果您转到PubMed站点并在url：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=dengue&sort=relevance&size=200中使用sort=relevance，它将使用最佳匹配，如站点上所示。当您使用sort=pubdate或sort=date时，它将分别是发布日期和最近日期。

Answer 3

如果您的目标只是按照最近的顺序对结果进行排序，那么就不要在esearch()方法中指定排序参数。

这样做：

Entrez.esearch(db="pubmed", term=search_term, rettype=rettype, retmax=retmax)

而不是：

Entrez.esearch(db="pubmed", term=search_term, rettype=rettype, retmax=retmax, sort=sort_method)

您应该得到一堆最新的UID/结果，如Pubmed上所示。虽然与Pubmed上查看的结果相比，可能会发现结果集中缺少一些UID，但Pubmed和Entrez似乎使用不同的索引来显示结果。这一部分已经在这对话中进行了讨论。

如果您想检索最近的文章，sort="pub date"可能会导致您意想不到的结果。