我如何循环这些MPI调用，或者为了清洁起见，将它们转换为函数并循环这些函数？

Question

我几乎完成了这个程序，我只需要循环一个特定的部分很多次。其目的是说，如果“旧能量”在“新能源”的某一范围内(程序中的oldE和E)，那么循环将终止并打印新的能量。也就是说，这是一种能量优化。现在我只是尝试循环它，所以我做了一个y循环，运行了三次。然而，当我运行程序，它只是停留在终端。我不太清楚问题出在哪里。我认为这与内存分配有关，所以我试着释放内存，并在似乎最合理的地方重新分配内存。

我贴上// MAIN LOOP //标签的中间区域是问题所在。如果尝试将这么多内容放入循环中似乎不合理，那么我如何修改它，比如将它的大块变成函数呢？我试着把MPI调用转换成函数，但这对我没有用。

以下是节目：

#include "stdio.h"
#include "stdlib.h"
#include "mpi.h"
#include "math.h"
#include "assert.h"

int main(int argc, char **argv) {

  int N = 32;
  int dim = 3;
  float a = 10.0; // size of 3D box
  int size, rank, i, j, k, q;
  float **C, **Csend, **Crecv;
  float rijx, rijy, rijz, rij, Vij, E, oldE;
  float stepsize = 0.05;

  double Start_time, End_time, Elapse_time;
  MPI_Status status;

  MPI_Init(&argc, &argv);
  MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &size);
  MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);
  MPI_Request requests[2];


  float energies[size];

  float calc_energy(float **matrix) {
  E = 0;
  for(i = 1; i < N-1; i++) {
    for(j = i+1; j < N; j++) {
      rijx = pow((matrix[i][0] - matrix[j][0]),2);
      rijy = pow((matrix[i][1] - matrix[j][1]),2);
      rijz = pow((matrix[i][2] - matrix[j][2]),2);
      rij = pow((rijx + rijy + rijz),0.5);
      Vij = pow((1/rij),12) - pow((1/rij),6);
      E = E + Vij;
    }
  }
  return E;
  }

  float **alloc_2d_float(int N, int dim) {
    float *data = (float *)malloc(N*dim*sizeof(float));
    float **array= (float **)malloc(N*sizeof(float*));
    for(i=0; i<N; i++) {
      array[i] = &(data[dim*i]);
    }
    return array;
}

  Csend = alloc_2d_float(N,dim);
  Crecv = alloc_2d_float(N,dim);
  C = alloc_2d_float(N,dim);

if(rank==0){
  for (i = 0; i < N; i++) {
    for (j = 0; j < dim; j++) {
        Csend[i][j] = (float)rand()/(float)(RAND_MAX/a);
    }
  }
}

// This function is to take a random number of matrix elements and change them slightly, but with a catch which is that it should be different for each processor.
float **randomsteps(float **matrix) {
  float **newmatrix;
  newmatrix = alloc_2d_float(N,dim);

  for(i = 0; i < N; i = i++) {
    for (j = 0; j < dim; j++) {
      newmatrix[i][j] = matrix[i][j];
    }
  }

  int n = rand()%dim;
  for(i = 0; i < N; i = i+n) {
    for (j = 0; j < dim; j++) {
     int n = rand() % dim;
     if(i%2 == 0) {
       newmatrix[i][j] = matrix[i][j]+((rank+1)*stepsize);
       if(newmatrix[i][j] > 10) {
         newmatrix[i][j] = matrix[i][j] + (stepsize) - 10;
       }
     } else {
       newmatrix[i][j] = matrix[i][j]-((rank+1)*stepsize);
       if(newmatrix[i][j] < 0) {
         newmatrix[i][j] = matrix[i][j] - (stepsize) + 10;
       }
     }
   }
 }
 return newmatrix;
}

// MAIN LOOP //
int y; // var for big loop
for(y=0;y<3;y++) {
  for (i = 1; i < size; i++) {
    if (rank == 0) {
      MPI_Send(&(Csend[0][0]), N*dim, MPI_FLOAT, i, 10+i, MPI_COMM_WORLD);
    }
    if (rank == i) {
      MPI_Recv(&(Crecv[0][0]), N*dim, MPI_FLOAT, 0, 10+i, MPI_COMM_WORLD, &status);
     }
  }

if(rank==0){
  C = randomsteps(Csend);
  E = calc_energy(C);
  oldE = calc_energy(C);
  energies[0]=E;
} else {
  C = randomsteps(Crecv);
  E = calc_energy(C);
}

MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);

for (i = 1; i < size; i++) {
  if (rank == i) {
    MPI_Send(&E, 1, MPI_FLOAT, 0, 10+i, MPI_COMM_WORLD);
  }
  if (rank == 0) {
    MPI_Recv(&energies[i], size-1, MPI_FLOAT, i, 10+i, MPI_COMM_WORLD, &status);
  }
}

MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);

int location;
int findmin(float *energies) {
  int location = 1;
  float minimum = energies[0];

  for (i = 1 ; i < size ; i++ ) {
    if ( energies[i] < minimum ) {
      minimum = energies[i];
      location = i;
    }
  } 
  return location;
}

if(rank==0){
  location = findmin(energies);
}

MPI_Bcast(&location, 1, MPI_FLOAT, 0, MPI_COMM_WORLD);


if(rank==0){
  MPI_Recv(&(C[0][0]), N*dim, MPI_FLOAT, location, 1, MPI_COMM_WORLD, &status);
}
if(rank == location){
  MPI_Send(&(C[0][0]), N*dim, MPI_FLOAT, 0, 1, MPI_COMM_WORLD);
}

MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);

if(rank==0){
  printf("%f\n",calc_energy(C));
  free(Csend);
  Csend = alloc_2d_float(N,dim);
  for(i=0;i<N;i++){
    for(j=0;j<dim;j++){
      Csend[i][j] = C[i][j];
}}
}

MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);


free(C);
free(Crecv);
C = alloc_2d_float(N,dim);
Crecv = alloc_2d_float(N,dim);

MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);

}
//END MAIN LOOP



free(C);
free(Csend);
free(Crecv);
MPI_Finalize();

return 0;
}

除了那个大的y循环外，代码是有效的。如果你把它去掉，它就会打印一个值。

提前感谢您的帮助！

编辑:我试着打印了一堆语句，它似乎被困在了这一点上：

  if(rank==0){
    C = randomsteps(Csend);
    E = calc_energy(C);
    oldE = calc_energy(C);
    energies[0]=E;
if(y==1){
printf("yummy");
  }
  } else{
    C = randomsteps(Crecv);
    E = calc_energy(C);
if(y==1){
printf("yummy");
  }
}

它被困在云端之间

edit2:更具体地说，问题似乎是C = randomsteps(Crecv);

edit3:在随机步骤中注释这段代码可以解决问题，所以这似乎就是原因。还在努力弄清楚为什么

  int n = rand()%dim;
  for(i = 0; i < N; i = i+n) {
    for (j = 0; j < dim; j++) {
      int n = rand() % dim;
      if(i%2 == 0) {
        newmatrix[i][j] = matrix[i][j]+((rank+1)*stepsize);
        if(newmatrix[i][j] > 10) {
          newmatrix[i][j] = matrix[i][j] + (stepsize) - 10;
        }
      } else {
        newmatrix[i][j] = matrix[i][j]-((rank+1)*stepsize);
        if(newmatrix[i][j] < 0) {
          newmatrix[i][j] = matrix[i][j] - (stepsize) + 10;
        }
      }
    }
  }

该代码试图在矩阵中获取随机元素，并对每个处理器的值进行轻微和唯一的修改(例如，增加0.05*秩)。

edit4:啊，我想出来了。我只需要用dim在int n = rand() % dim;中切换N。一个愚蠢的错误引起了我三个小时的恐慌。-_-

也许我现在应该删除这篇文章？还是会被关闭？我不知道在这种情况下会做些什么

Answer 1

您的程序挂起只是因为您最终陷入了死锁。

之所以发生这种情况，是因为您的发送/recv是不平衡的，请执行第一个循环：

  for (i = 1; i < size; i++) {
    if (rank == 0) {
      MPI_Send(&(Csend[0][0]), N*dim, MPI_FLOAT, i, 10+i, MPI_COMM_WORLD);
    }
    if (rank == i) {
      MPI_Recv(&(Crecv[0][0]), N*dim, MPI_FLOAT, 0, 10+i, MPI_COMM_WORLD, &status);
     }
  }

Rank #0进行size MPI_Send操作，每一个进程都有一个排名#1-N do size MPI_Recv (因此(N-1)*大小recvs正在等待)！这些size接收到的只有一个将被排名0匹配！

因此，当Rank 0可以继续执行其余的代码时，所有其他进程都被卡在接收到的代码上。当等级#0在稍后遇到障碍时，您将陷入死锁。

您要做的是：

  if (rank == 0) {
    for (i = 1; i < size; i++)
      MPI_Send(&(Csend[0][0]), N*dim, MPI_FLOAT, i, 10+i, MPI_COMM_WORLD);
  }
  if (rank == i) {
    MPI_Recv(&(Crecv[0][0]), N*dim, MPI_FLOAT, 0, 10+i, MPI_COMM_WORLD, &status);
  }

也相应地更改循环结束时的发送/recv代码。