在Markdown中工作的R脚本代码- RStudio挂起

Question

有人能帮助我理解有效的r脚本代码如何导致rStudio中的标记文档挂起，并且对我必须终止会话和IDE的点没有响应吗？也不编结任何文件。

背景：

• 在两台不同的机器上试用，在Windows 7和Windows 10上运行最新的rStudio版本0.99.489和R3.2.2(64位)。
• 尝试使用packrat来管理包
• 尝试从项目目录中加载形状文件
• 尝试从spdep项目下载加载一个不同的形状文件
• 再次尝试重新安装软件包

R脚本获取所需的库并加载它们

#Install the GIS packages
install.packages("spdep",dependencies = TRUE)
install.packages("maptools",dependencies = TRUE)
#Load the libraries
library(spdep)
library(maptools)

这在R中有效(您需要为系统上的形状文件找到正确的位置)

#See where the library files are stored
.libPaths() 
#Load the Eire shape file which came in spdep package using the readShapePoly function from maptools (needed to change the slashes from windows to those supported in R)
eireMap <- readShapePoly("C:R/3.2/spdep/etc/shapes/eire.shp"[1],ID="names", proj4string=CRS("+proj=utm +zone=30 +units=km"))
#Plot the map as there was no problem reading the shape file correctly in R script
plot(eireMap)

R标记

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title: "GIS using R"
author: "Me"
date: "18 November 2015"
output: word_document
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This is an R Markdown document of the R worksheet for GIS. Note that the `echo = FALSE` parameter was added to the code chunk to prevent printing of the R code contained in that snippet

```{r, echo=FALSE}

#如果尚未安装软件包，请安装

install.packages("spdep"，依赖项= TRUE)

Install.packages(“映射工具”，依赖关系=真)

Load the libraries 
```{r, echo=FALSE}

图书馆(Spdep)

图书馆(地图工具)

See where the library files are stored
```{r}

.libPaths()

Try to Load the Eire shape file but it causes R Studio to hang and become unresponsive 
```{r}

eireMap <- readShapePoly(“C:r/win/3.2/spdep/etc/shapes/eire.shp”1，ID=“name”，proj4string=CRS("+proj=utm +zone=30 +units=km"))

Can't plot the map because the system has hung by this stage
```{r}

地块(EireMap)

姓名(EireMap)

eireMap $names

Answer 1

这将允许您在重新安装之前检查包(加载时不显示任何消息)。然后，它使用跨平台的方式获取您需要的shapefile的文件名，然后读取并绘制它。单独的R代码行(即非Rmd )在R控制台和RStudio +Rmd中工作得很好，在我的OS系统和linux系统上都很好。有更优雅的方法来进行包检查/加载，但这将使您能够快速检查系统中是否存在更大的问题。

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output: html_document
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```{r echo=FALSE, message=FALSE}

如果(需要(Spdep)) install.packages("spdep"，dependencies=TRUE)

如果(!require(maptools)) install.packages(“映射工具”，dependencies=TRUE)

要求(Spdep)

要求(地图工具)

```{r}

eire_shp <- system.file("etc/shapes/eire.shp"，package="spdep")

eireMap <- readShapePoly(eire_shp，ID=“name”)

                     proj4string=CRS("+proj=utm +zone=30 +units=km"))

```{r}

地块(EireMap)

姓名(EireMap)

eireMap$name

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