Packrat引导程序找不到packrat专用库

Question

我已经构建了一个Packrat项目，在Packrat私有库中安装了几个包。我想把代码和Packrat库一起带到另一个系统。我在其中构建的系统是从Rstudio运行R3.2.2的Windows 7，而我要移动它的系统是从命令行运行R3.1.2的Linux机器。Windows机器上的packrat版本为0.4.6-1.下面是我所做的操作的概述:在我运行的Windows机器上

> packrat::bundle(include.lib=TRUE)

我将得到的包移到Linux系统，在那里我使用tar -zxvf packrat_bundle.tar.gz解压缩它。然后进入新解压缩的目录并从那里启动R.，packrat自动引导(由于位于.Rprofile中的行.Rprofile)，并给出了以下输出

    Packrat is not installed in the local library -- attempting to bootstrap an installation...
> Installing packrat into project private library:
- '/home/code/packrat/lib/x86_64-unknown-linux-gnu/3.1.2'
* installing *source* package âpackratâ ...
** package âpackratâ successfully unpacked and MD5 sums checked
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (packrat)
> Attaching packrat
> Restoring library
Already up to date.
> Packrat bootstrap successfully completed. Entering packrat mode...
Updating system packages ('3.2.2' -> '3.1.2')
Packrat mode on. Using library in directory:
- "/home/code/packrat/lib"
Warning message:
In restore(restart = FALSE) :
  The most recent snapshot was generated using R version 3.2.2

在此之后，.libPaths()的输出是

> .libPaths()
[1] "/home/code/packrat/lib/x86_64-unknown-linux-gnu/3.1.2"
[2] "/home/code/packrat/lib-ext"
[3] "/home/code/packrat/lib-R"

问题是，我在Windows机器上创建的库包含在目录/home/code/packrat/lib/x86_64-w64-mingw32/3.2.2中。因此，我必须将其添加到.libPaths中，以使packrat库正确工作。我不介意必须手动更改.libPaths，但我强烈地感到，我可能做错了一些导致问题的事情。

谢谢你的帮助！

Answer 1

事实证明，我遇到的问题是，在尝试将它移到另一个系统之前，我没有使用过snapshotted。我解决了这个问题，首先运行packrat::snapshot()，然后像以前一样继续工作。

我错误地认为，通过使用packrat::bundle(include.lib=TRUE)，我可以以这种方式传输我的库。情况并非如此，特别是当库需要移到另一个系统并从源重新构建时。快照首先负责源的重建，并正确引导包。

Answer 2

我的回答与这个问题无关，但我想在这里写作，也许有人会读这篇文章，从而节省很多时间和挫折感。

这个问题发布至今已经两年了。一年前我使用了packrat包，现在我仍然发现它根本无法使用。我试着安装dplyr，安装BH包需要1小时(依赖关系)。

使用checkpoint包要好得多。您必须指定一个函数

checkpoint("your_snapshot_date")

并且您已经准备好将您的代码作为一个可复制的示例来共享。安装dplyr的时间:3分钟。