autoplot.survfit中的变轴

Question

我试图改变我的Kaplan Meier生存函数的y轴。我正在使用自动绘图为一个survfit对象创建一个ggplot。它在survMisc库中。

输出当前的y轴为0到1，但我想将其更改为0.5到1。在Auto图中似乎没有允许我更改轴的参数。

如果这是可能的话，我也想改变我的刻度标记的间隔。它目前每2.5年(轴)有它，但我希望每年。

我已经从加州大学洛杉矶分校的网站附加了一个样本生存代码，但我的自动绘图代码是相同的在我的脚本。谢谢。

hmohiv<-read.table("http://www.ats.ucla.edu/stat/r/examples/asa/hmohiv.csv", sep=",", header = TRUE) 
library(survival)
library(ggplot2)
library(Hmisc)
library(ggfortify)
attach(hmohiv)

hmohiv.surv <- survfit( Surv(time, censor)~ 1)
summary(hmohiv.surv)
autoplot(hmohiv.surv, type = "CI", palette="Set2", pVal=TRUE, 
                          title="Recurrence Free Survival", 

                          legTitle = "Adjuvant Treatment", 
                          xLab="Years to Recurrence", yLab="Probability",  
                          censSize = 2,
                          alpha = 0.9,
                          tabTitle = "Number at Risk",
                          tabTitleSize = 14,
                          tabLabSize = 2,
                          nRiskSize = 4,
                          timeTicks = "minor"
) + scale_y_continuous(limits=c(0.5,1))

它运行良好没有

+ scale_y_continuous(limits=c(0.5,1))

但是，当我用比例尺运行它时，它会给出以下错误：

自动绘图中的错误(hmohiv.surv，type = "CI"，调色板= "Set2"，pVal = TRUE，：二进制运算符的非数值参数)

Answer 1

您可以这样做(最好也指定xlim )：

autoplot(hmohiv.surv, ylim = c(0.5, 1.0))

autoplot(hmohiv.surv) + ylim(c(0.5, 1.0))

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另一种选择是使用fortify一次将survfit转换为data.frame，然后过滤和绘制。

hmohiv.df <- fortify(hmohiv.surv) 
head(hmohiv.df)
#   time n.risk n.event n.censor      surv    std.err     upper     lower
# 1    1    100      15        2 0.8500000 0.04200840 0.9229465 0.7828189
# 2    2     83       5        5 0.7987952 0.05036890 0.8816770 0.7237046
# 3    3     73      10        2 0.6893712 0.06863972 0.7886410 0.6025969
# 4    4     61       4        1 0.6441665 0.07656258 0.7484595 0.5544060
# 5    5     56       7        0 0.5636457 0.09172158 0.6746519 0.4709043
# 6    6     49       2        1 0.5406398 0.09633941 0.6529986 0.4476141

ggfortify:::autoplot.survfit(hmohiv.df[hmohiv.df$surv > 0.5, ])

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