从下载的文件中将软文件数据读取到R

Question

我已经将软文件数据从GSE47875断言号下载到我的labtop。现在我想把它装载到R，我已经用了

getGEO("GSE47875",filename = "Desktop/GSE47875/GSE47875_series_matrix.txt.gz")

命令，但我遇到了以下错误：

sh: 1: curl: not found
File stored at: 
/tmp/RtmpHyQAgg/GPL1355.soft
Error in file(fname, "r") : cannot open the connection
In addition: Warning messages:
1: In download.file(myurl, destfile, mode = mode, quiet = TRUE, method = getOption("download.file.method.GEOquery")) :
  download had nonzero exit status
2: In file(fname, "r") :
  cannot open file '/tmp/RtmpHyQAgg/GPL1355.soft': No such file or directory

问题出在哪里？如何将软文件数据加载到R？

Answer 1

看起来您在Linux上，而且curl (一个从命令行或脚本下载的程序)没有安装。它是免费的，所以安装它！您可以使用sudo apt-get install curl在Debian类型的发行版上安装它。

这个职位有一些更多的细节。