如何在R中绘制NA值的多边形？

Question

我试图用基本图形绘制数据周围的错误区域。我已经想出了如何用多边形来做这件事，但是如果我的数据中有任何NA值，它就会变得非常糟糕。

dat <- rnorm(10, mean = 1:10)
depth <- 11:20
sd <- rnorm(10, mean = 1.5, sd = 0.5)
col <- "blue"
alpha <- .2

col <- adjustcolor(col, alpha.f = alpha)
par(mfrow = c(1,2))
plot(dat, depth, type = "o", main = "No NAs in dat or depth")
x <- c(dat - sd, rev(dat + sd))
y <- c(depth, rev(depth))
polygon(x = x, y = y, col = col, border = NA)

dat[7] <- NA
plot(dat, depth, type = "o", main = "NAs in dat or depth")
x <- c(dat - sd, rev(dat + sd))
y <- c(depth, rev(depth))

polygon(x = x, y = y, col = col, border = NA)

这给了我以下的图像：

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似乎NA值将下多边形划分为两个多边形。我想做的是把它保持为一个多边形。

Answer 1

下面是使用rle函数的一个可能的解决方案：

set.seed(123) # added for reproducibility
dat <- rnorm(10, mean = 1:10)
depth <- 11:20
sd <- rnorm(10, mean = 1.5, sd = 0.5)
col <- "blue"
alpha <- .2

col <- adjustcolor(col, alpha.f = alpha)
par(mfrow = c(1,2))
plot(dat, depth, type = "o", main = "No NAs in dat or depth")
x <- c(dat - sd, rev(dat + sd))
y <- c(depth, rev(depth))
polygon(x = x, y = y, col = col, border = NA)

dat[7] <- NA
plot(dat, depth, type = "o", main = "NAs in dat or depth")
x <- c(dat - sd, rev(dat + sd))
y <- c(depth, rev(depth))

############################################
## code to print error range starts here: ##
############################################
enc <- rle(!is.na(dat))
endIdxs <- cumsum(enc$lengths)
for(i in 1:length(enc$lengths)){
  if(enc$values[i]){
    endIdx <- endIdxs[i]
    startIdx <- endIdx - enc$lengths[i] + 1

    subdat <- dat[startIdx:endIdx]
    subsd <- sd[startIdx:endIdx]
    subdepth <- depth[startIdx:endIdx]

    x <- c(subdat - subsd, rev(subdat + subsd))
    y <- c(subdepth, rev(subdepth))

    polygon(x = x, y = y, col = col, border = NA)
  }
}

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这个想法是为每个连续的非NA块绘制一个多边形。

由于给定一个向量的rle返回具有相同值的连续块的长度和值，所以我们使用它来识别非NA的块，并绘制一个多边形来设置原始的dat、depth和sd向量。

Answer 2

这可以接受吗？

polygon(x = x[!is.na(x)], y = y[!is.na(x)], col = col, border = NA)

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Answer 3

如果您想尝试ggplot2解决方案，下面是如下所示：

将示例数据放入数据框架，并添加低列和高列(在将一个数据点设置为NA之后)：

> d=data.frame(dat=dat, depth=depth)
> d$dat[7]=NA
> d$high=d$dat+sd
> d$low=d$dat-sd

然后是一字一句：

> require(ggplot2)
> ggplot(d,aes(x=depth,y=dat)) + 
    geom_ribbon(aes(ymax=high,ymin=low),
                fill=adjustcolor("blue",.2) ) +
    geom_line() + 
    geom_point() + 
    coord_flip()

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